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万見
- EMDB-30590: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30590
タイトルCryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • 複合体: Glucagon-like peptide 2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Pro-glucagon
      • タンパク質・ペプチド: Glucagon-like peptide 2 receptor
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / glucagon receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Activation of the phototransduction cascade / negative regulation of execution phase of apoptosis / G protein-coupled peptide receptor activity / feeding behavior ...glucagon receptor binding / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / glucagon receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Activation of the phototransduction cascade / negative regulation of execution phase of apoptosis / G protein-coupled peptide receptor activity / feeding behavior / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein kinase A signaling / adenylate cyclase activator activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / response to activity / gluconeogenesis / G protein-coupled receptor activity / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 2, glucagon-like peptide 2 receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. ...GPCR family 2, glucagon-like peptide 2 receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucagon-like peptide 2 receptor / Pro-glucagon / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Sun W / Chen L / Zhou Q / Zhao L / Zhang H / Cong Z / Shen D / Zhao F / Zhou F / Cai X ...Sun W / Chen L / Zhou Q / Zhao L / Zhang H / Cong Z / Shen D / Zhao F / Zhou F / Cai X / Chen Y / Zhou Y / Gadgaard S / van der Velden WJ / Zhao S / Jiang Y / Rosenkilde MM / Yang D / Xu HE / Zhang Y / Wang M
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: A unique hormonal recognition feature of the human glucagon-like peptide-2 receptor.
著者: Wen Sun / Li-Nan Chen / Qingtong Zhou / Li-Hua Zhao / Dehua Yang / Huibing Zhang / Zhaotong Cong / Dan-Dan Shen / Fenghui Zhao / Fulai Zhou / Xiaoqing Cai / Yan Chen / Yan Zhou / Sarina ...著者: Wen Sun / Li-Nan Chen / Qingtong Zhou / Li-Hua Zhao / Dehua Yang / Huibing Zhang / Zhaotong Cong / Dan-Dan Shen / Fenghui Zhao / Fulai Zhou / Xiaoqing Cai / Yan Chen / Yan Zhou / Sarina Gadgaard / Wijnand J C van der Velden / Suwen Zhao / Yi Jiang / Mette M Rosenkilde / H Eric Xu / Yan Zhang / Ming-Wei Wang /
要旨: Glucagon-like peptides (GLP-1 and GLP-2) are two proglucagon-derived intestinal hormones that mediate distinct physiological functions through two related receptors (GLP-1R and GLP-2R) which are ...Glucagon-like peptides (GLP-1 and GLP-2) are two proglucagon-derived intestinal hormones that mediate distinct physiological functions through two related receptors (GLP-1R and GLP-2R) which are important drug targets for metabolic disorders and Crohn's disease, respectively. Despite great progress in GLP-1R structure determination, our understanding on the differences of peptide binding and signal transduction between these two receptors remains elusive. Here we report the electron microscopy structure of the human GLP-2R in complex with GLP-2 and a G heterotrimer. To accommodate GLP-2 rather than GLP-1, GLP-2R fine-tunes the conformations of the extracellular parts of transmembrane helices (TMs) 1, 5, 7 and extracellular loop 1 (ECL1). In contrast to GLP-1, the N-terminal histidine of GLP-2 penetrates into the receptor core with a unique orientation. The middle region of GLP-2 engages with TM1 and TM7 more extensively than with ECL2, and the GLP-2 C-terminus closely attaches to ECL1, which is the most protruded among 9 class B G protein-coupled receptors (GPCRs). Functional studies revealed that the above three segments of GLP-2 are essential for GLP-2 recognition and receptor activation, especially the middle region. These results provide new insights into the molecular basis of ligand specificity in class B GPCRs and may facilitate the development of more specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d68
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30590.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.29886562 - 0.41009173
平均 (標準偏差)-0.000100247875 (±0.008743223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 227.13602 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z227.136227.136227.136
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.2990.410-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-G...

全体名称: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • 複合体: Glucagon-like peptide 2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Pro-glucagon
      • タンパク質・ペプチド: Glucagon-like peptide 2 receptor
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-G...

超分子名称: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #3: Nanobody-35

超分子名称: Nanobody-35 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: Glucagon-like peptide 2 receptor

超分子名称: Glucagon-like peptide 2 receptor / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 43.897789 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSII AIIRAMGRLK IDFGDSARAD DARQLFVLAG AAEEGFMTAE LAGVIKRLWK DSGVQACFNR SREYQLNDSA A YYLNDLDR ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSII AIIRAMGRLK IDFGDSARAD DARQLFVLAG AAEEGFMTAE LAGVIKRLWK DSGVQACFNR SREYQLNDSA A YYLNDLDR IAQPNYIPTQ QDVLRTRVKT TGIFETKFQV DKVNFHMFDV GAQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVASSSYN MV IREDNQT NRLQEALNLF KSIWNNRWLR TISVILFLNK QDLLAEKVLA GKSKIEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTR AKYFIR DEFLRISTAS GDGRHYCYPH FTCSVDTENI RRVFNDCRDI IQRMHLRQYE LL

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 40.226992 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWNG SSGGGGSGGG GSSGVSGWRL FKKIS

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Nanobody-35

分子名称: Nanobody-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.711284 KDa
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTV

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分子 #5: Pro-glucagon

分子名称: Pro-glucagon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.769136 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
HADGSFSDEM NTILDNLAAR DFINWLIQTK ITD

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分子 #6: Glucagon-like peptide 2 receptor

分子名称: Glucagon-like peptide 2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.534836 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAMKLG SSRAGPGRGS AGLLPGVHEL PMGIPAPWGT SPLSFHRKCS LWAPGRPFLT LVLLVSIKQV TGSLLEETT RKWAQYKQAC LRDLLKEPSG IFCNGTFDQY VCWPHSSPGN VSVPCPSYLP WWSEESSGRA YRHCLAQGTW Q TIENATDI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAMKLG SSRAGPGRGS AGLLPGVHEL PMGIPAPWGT SPLSFHRKCS LWAPGRPFLT LVLLVSIKQV TGSLLEETT RKWAQYKQAC LRDLLKEPSG IFCNGTFDQY VCWPHSSPGN VSVPCPSYLP WWSEESSGRA YRHCLAQGTW Q TIENATDI WQDDSECSEN HSFKQNVDRY ALLSTLQLMY TVGYSFSLIS LFLALTLLLF LRKLHCTRNY IHMNLFASFI LR TLAVLVK DVVFYNSYSK RPDNENGWMS YLSEMSTSCR SVQVLLHYFV GANYLWLLVE GLYLHTLLEP TVLPERRLWP RYL LLGWAF PVLFVVPWGF ARAHLENTGC WTTNGNKKIW WIIRGPMMLC VTVNFFIFLK ILKLLISKLK AHQMCFRDYK YRLA KSTLV LIPLLGVHEI LFSFITDDQV EGFAKLIRLF IQLTLSSFHG FLVALQYGFA NGEVKAELRK YWVRFLLARH SGCRA CVLG KDFRFLGKCP KKLSEGDGAE KLVFTLEDFV GDWEQTAAYN LDQVLEQGGV SSLLQNLAVS VTPIQRIVRS GENALK IDI HVIIPYEGLS ADQMAQIEEV FKVVYPVDDH HFKVILPYGT LVIDGVTPNM LNYFGRPYEG IAVFDGKKIT VTGTLWN GN KIIDERLITP DGSMLFRVTI NS

+
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0410

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 284669
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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