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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30573 | |||||||||
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タイトル | A proof of concept for neutralizing antibody-guided vaccine design against SARS-CoV-2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Cao L / Wang X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2021 タイトル: A proof of concept for neutralizing antibody-guided vaccine design against SARS-CoV-2. 著者: Li Zhang / Lei Cao / Xing-Su Gao / Bin-Yang Zheng / Yong-Qiang Deng / Jing-Xin Li / Rui Feng / Qian Bian / Xi-Ling Guo / Nan Wang / Hong-Ying Qiu / Lei Wang / Zhen Cui / Qing Ye / Geng Chen / ...著者: Li Zhang / Lei Cao / Xing-Su Gao / Bin-Yang Zheng / Yong-Qiang Deng / Jing-Xin Li / Rui Feng / Qian Bian / Xi-Ling Guo / Nan Wang / Hong-Ying Qiu / Lei Wang / Zhen Cui / Qing Ye / Geng Chen / Kui-Kui Lu / Yin Chen / Yu-Tao Chen / Hong-Xing Pan / Jiaping Yu / Wenrong Yao / Bao-Li Zhu / Jianping Chen / Yong Liu / Cheng-Feng Qin / Xiangxi Wang / Feng-Cai Zhu / 要旨: Mutations and transient conformational movements of the receptor binding domain (RBD) that make neutralizing epitopes momentarily unavailable present immune escape routes for severe acute respiratory ...Mutations and transient conformational movements of the receptor binding domain (RBD) that make neutralizing epitopes momentarily unavailable present immune escape routes for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). To mitigate viral escape, we developed a cocktail of neutralizing antibodies (NAbs) targeting epitopes located on different domains of spike (S) protein. Screening of a library of monoclonal antibodies generated from peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 convalescent patients yielded potent NAbs, targeting the N-terminal domain (NTD) and RBD domain of S, effective at concentrations. Remarkably, a combination of RBD-targeting NAbs and NTD-binding NAbs, FC05, enhanced the neutralization potency in cell-based assays and an animal model. Results of competitive surface plasmon resonance assays and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of antigen-binding fragments bound to S unveil determinants of immunogenicity. Combinations of immunogens, identified in the NTD and RBD of S, when immunized in rabbits and macaques, elicited potent protective immune responses against SARS-CoV-2. More importantly, two immunizations of this combination of NTD and RBD immunogens provided complete protection in macaques against a SARS-CoV-2 challenge, without observable antibody-dependent enhancement of infection. These results provide a proof of concept for neutralization-based immunogen design targeting SARS-CoV-2 NTD and RBD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30573.map.gz | 113.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30573-v30.xml emd-30573.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30573.png | 78.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30573 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30573 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30573_validation.pdf.gz | 378.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30573_full_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30573_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30573_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30573 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30573 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FC05 Fab binds to SARS-CoV-2 Spike
全体 | 名称: FC05 Fab binds to SARS-CoV-2 Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: FC05 Fab binds to SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: FC05 Fab binds to SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T |
-超分子 #2: Spike protein S1
超分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T |
-超分子 #3: FC05 Fab
超分子 | 名称: FC05 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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-分子 #1: Spike glycoprotein S1
分子 | 名称: Spike glycoprotein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.663637 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SQCVNLTTRT QLPPAYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV S QPFLMDLE ...文字列: SQCVNLTTRT QLPPAYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV S QPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PG DSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV D |
-分子 #2: Light chain of FC05 Fab
分子 | 名称: Light chain of FC05 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.34548 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQAPSV SGAPGQKVTI SCSGSSSNIG NNYVSWYQQL PGTAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEADYYC GTWDSSLSAV VFGGGTKLTV L |
-分子 #3: Heavy chain of FC05 Fab
分子 | 名称: Heavy chain of FC05 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.463899 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLEQSGA EVKKPGASVR VSCKVSGYTL PEVAMHWVRQ APGKGLEWMG GFDPEDGETM YAQKFQGRVT MTEDTSTDTA YMELSSLRS EDTAVYYCAT TTPFSSSYWF DPWGQGTLVT VSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 450378 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |