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- EMDB-30536: Photosystem I-LHCI-LHCII of Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30536
タイトルPhotosystem I-LHCI-LHCII of Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
    • 複合体: Photosystem I
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: LHCI
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: LHCII
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 12種
キーワードPSI-LHCI-LHCII / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Wang WD / Shen LL
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB150100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II.
著者: Xiaowei Pan / Jun Ma / Xiaodong Su / Peng Cao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light- ...Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light-harvesting complex II (LHCII), is phosphorylated and forms a supercomplex with PSI core and the PSI antenna, light-harvesting complex I (LHCI). Both LHCI and LHCII then transfer excitation energy to the PSI core. We report the structure of maize PSI-LHCI-LHCII solved by cryo-electron microscopy, revealing the recognition site between LHCII and PSI. The PSI subunits PsaN and PsaO are observed at the PSI-LHCI interface and the PSI-LHCII interface, respectively. Each subunit relays excitation to PSI core through a pair of chlorophyll molecules, thus revealing previously unseen paths for energy transfer between the antennas and the PSI core.
履歴
登録2020年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.5
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  • 原子モデル: PDB-7d0j
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.52 Å		1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.52 Å		1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.7253877 - 5.004408
平均 (標準偏差)-0.0015372316 (±0.08526802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 470.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z470.520470.520470.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ645365
NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.7255.004-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • 複合体: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
    • 複合体: Photosystem I
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • 複合体: LHCI
      • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • 複合体: LHCII
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
超分子 #1: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
超分子 #2: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#11, #13
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
超分子 #3: LHCI

超分子名称: LHCI / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #12
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
超分子 #4: LHCII

超分子名称: LHCII / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#24

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 81.992758 KDa
配列文字列: KVKIAVDRNP VETSFEKWAK PGHFSRTLSK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTSDLEEISR KVFSAHFGQL GIIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLVMA A AMFFAGWF ...文字列:
KVKIAVDRNP VETSFEKWAK PGHFSRTLSK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTSDLEEISR KVFSAHFGQL GIIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLVMA A AMFFAGWF HYHKAAPKLE WFQNVESMLN HHLGGLLGLG SLAWAGHQIH VSLPVNKLLD AGVDPKEIPL PHDLLLNRAI MA DLYPSFA KGIAPFFTLN WSEYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH VAIAVLFLVA GHMYRTNWGI GHSMKEILEA HRG PFTGEG HVGLYEILTT SWHAQLAINL ALFGSLSIIV AHHMYAMPPY PYLATDYGTQ LSLFTHHTWI GGFCIVGAGA HAAI FMVRD YDPTNNYNNL LDRVIRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW IQNTH FLAP QLTAPNALAA TSLTWGGDLV AVGGKVAMMP ISLGTSDFMV HHIHAFTIHV TVLILLKGVL FARSSRLIPD KANLGF RFP CDGPGRGGTC QVSAWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVTA SGVSHITGGN FAQSANTING WLRDFLW AQ SSQVIQSYGS ALSAYGLIFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAI QPRALSITQG RAVGVAHY L LGGIATTWSF FLARIISVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.05307 KDa
配列文字列: ATKLFPKFSQ GLAQDPTTRR IWYGLAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVTD PVHIRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNISTSG VYQWWYTIGM RTNQDLYVGS VFLALVSAIF LFAGWLHLQP N FQPSLSWF ...文字列:
ATKLFPKFSQ GLAQDPTTRR IWYGLAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVTD PVHIRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNISTSG VYQWWYTIGM RTNQDLYVGS VFLALVSAIF LFAGWLHLQP N FQPSLSWF KDAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLSVLPH PQGLTPFFTG NWAAYAQSPD TA SHVFGTA QGSGQAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVIFIVA GHMYRTNFGI GHRMQAILEA HTPPSGSLGA GHK GLFDTV NNSLHFQLGL ALASVGTITS LVAQHMYSLP PYAFQAIDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMCGA FAHGAIFFIR DYDP EQNKG NVLARMLDHK EALISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AHGKALYGFD FLLSS KTSA AFANGQSLWL PGWLDAINNN QNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAY DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHLTLWQ GNVAQFDESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWTFLF GHLIYATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH EKTPLANLVY WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG RFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.73813 KDa
配列文字列:
AHIVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKASQMAS APRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGS ESTRSMGLSY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.123686 KDa
配列文字列:
WTVPTLNPDT PSPIFGGSTG GLLRKAQTEE FYVITWEAKK EQIFEMPTGG AAIMRQGPNL LKFGKKEQCL ALTTQLRNKF KLTPCFYRV FPDGKVQYLH PADGVYPEKV NAGRVGANQN MRRIGQNVNP IKVKFSGRMM SPAEI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.021877 KDa
配列文字列:
EVGPKRGSLV KILRPESYWF NQVGKVVSVD QSGVRYPVVV RFENQNYAGV TTNNYALDEV VAA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction c...

分子名称: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.957773 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYAKLEKK ELKTLEKRLK QYEADSAPAV ALKATMERTK ARFANYAKAG LLCGNDGLPH LIADPGLALK YGHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGYVGRQYL IAVKGEAKPT DKEIIIDVPL ATKLAWQGAG WPLAAVQELQ RGTLLEKEEN I TVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.572677 KDa
配列文字列:
LDPQIVISGS TAAFLAIGRF VFLGYQRREA NFDSTVGPKT TGATYFDDLQ KNSTIFATND PAGFNIIDVA GWGALGHAVG FAVLAINSL QG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 11.053327 KDa
配列文字列:
KYGENSRYFD LQDMENTTGS WDMYGVDEKK RYPDNQAKFF TQATDIISRR ESLRALVALS GIAAIVTYGL KGAKDADLPI TKGPQTTGE NGKGGSVRSR L

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.970731 KDa
配列文字列:
PFVPPSWAPS VFVPLTGLVL PAIAMATLFV YIEKEAP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.750509 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVFS F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.259625 KDa
配列文字列:
FIGSSTNLIM VASTTATLAA ARFGLAPTVK KNTTAGLKLV DSKNSAGVIS NDPAGFTIVD VLAMGAAGHG LGVGIVLGLK GIGAL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

+
分子 #12: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.449949 KDa
配列文字列:
KKAQVISPVN GDPFVGMLET PVTSAPIVAT YLSNLPAYRT GVAPVLRGVE IGLAHGFLLA GPFIKLGPLR NVPETAEIAG SLSAAGLVL ILALCLSIYG SAQFQSTPSI GVKTLSGRSV ARDPLFSADG WSEFAAGFLV GGEAGVAWAY VCTQILPYYS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

+
分子 #13: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.129586 KDa
配列文字列:
ASNKSFPRDW VKTDPLVPVL GFAGWTIPAN IGVSAFGGQS LFGLFTQSIG ENLAHFPTGP ALDDKFWLYL ITYHLGLFLT ITLGQIGVQ GRKQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.69068 KDa
配列文字列: IEFYGPNRAK WLGPYSENAT PAYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFKRYR ELELIHARWA MLGALGCITP ELLAKSGTQF GEAVWFKAG AQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QNIVATLAVQ VILMGLVEGY RVNGGPAGEG LDPLYPGESF DPLGLADDPD T FAELKVKE ...文字列:
IEFYGPNRAK WLGPYSENAT PAYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFKRYR ELELIHARWA MLGALGCITP ELLAKSGTQF GEAVWFKAG AQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QNIVATLAVQ VILMGLVEGY RVNGGPAGEG LDPLYPGESF DPLGLADDPD T FAELKVKE IKNGRLAMFS MFGFFVQAIV TGKGPIQNLD DHLSNPTVNN AFAFATKFTP S

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.157326 KDa
配列文字列: KK(TPO)AAKAAAP KSSGVEFYGP NRAKWLGPYS ENSTPAYLTG EFPGDYGWDT AGLSADPETF KRYRELELIH ARWAML GAL GCLTPELLAK NGTKFGEAVW FKAGAQIFSE GGLDYLGNPS LVHAQNIVAT LAVQVILMGL IEGYRVNGGP AGEGLDP LY ...文字列:
KK(TPO)AAKAAAP KSSGVEFYGP NRAKWLGPYS ENSTPAYLTG EFPGDYGWDT AGLSADPETF KRYRELELIH ARWAML GAL GCLTPELLAK NGTKFGEAVW FKAGAQIFSE GGLDYLGNPS LVHAQNIVAT LAVQVILMGL IEGYRVNGGP AGEGLDP LY PGESFDPLGL ADDPDTFAEL KVKEIKNGRL AMFSMFGFFV QAIVTGKGPV QNLDDHLANP TVNNAFAFAT KFTPSA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.368023 KDa
配列文字列: KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP ...文字列:
KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP IAALGEHLAN PWGANFATNG ISVPFF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.986465 KDa
配列文字列: RPMWYPGATA PAHLDGSMLG DYGFDPLRLG VNKDNLKWFR EAELTNGRWA MAAVVGILFT DAVGLPKFWT AGAEKYALDN QTLALIEVA VFAVLEGKRY EIYKKTGETG FLSFAPFDPM GMKSEEMKLK ELKNGRLAML AFLGFCSQAA VYGKGPIETL Q LHLADPGH ...文字列:
RPMWYPGATA PAHLDGSMLG DYGFDPLRLG VNKDNLKWFR EAELTNGRWA MAAVVGILFT DAVGLPKFWT AGAEKYALDN QTLALIEVA VFAVLEGKRY EIYKKTGETG FLSFAPFDPM GMKSEEMKLK ELKNGRLAML AFLGFCSQAA VYGKGPIETL Q LHLADPGH NNIYTSSVGP ETAVTVAVLC VLPMIIEATK TLN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.090312 KDa
配列文字列: LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEV LGAAGLIPDA TNIKWFESGV IPPAGSYNGY WADPYTIFF VEIVAMQFAE LRRLQDFRYP GSMGQQYFLG LEAIFKGSGD AAYPGGPFFN LFNLGKTEAA MKELKLKEIK N GRLAMLAM ...文字列:
LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEV LGAAGLIPDA TNIKWFESGV IPPAGSYNGY WADPYTIFF VEIVAMQFAE LRRLQDFRYP GSMGQQYFLG LEAIFKGSGD AAYPGGPFFN LFNLGKTEAA MKELKLKEIK N GRLAMLAM LGYGAQAVMT GKGPFQNLVE HLADPVNNNI LTNFA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.49059 KDa
配列文字列: LPSWMPGADL PGYLNGTLPG DFGFDPLYLG QDPVKLKWYA QAELMNARFA MLAVAGILVP ELLSNIGFSW PGAGVAWYDA GKFEYFAPA SSLFGVQMLL FAWVEIRRYQ DFVKPGSANQ DPIFTNNKLP DGNEPGYPGG IFDPFGWSKG DIKSLKLKEI K NGRLAMLA ...文字列:
LPSWMPGADL PGYLNGTLPG DFGFDPLYLG QDPVKLKWYA QAELMNARFA MLAVAGILVP ELLSNIGFSW PGAGVAWYDA GKFEYFAPA SSLFGVQMLL FAWVEIRRYQ DFVKPGSANQ DPIFTNNKLP DGNEPGYPGG IFDPFGWSKG DIKSLKLKEI K NGRLAMLA FAGFIGQAYT TGTTPLKNLS THLADPWSTT VWQNDLA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 24.879588 KDa
配列文字列: RKLWAPGVVA PEYLKGDLAG DYGWDPLGLG ADPTALKWYR QSELQHARWA MLGVAGVLVQ EIVKPDVYFY EAGLPQNLPE PFTNINMGG LLAWEFILMH WVEVRRWQDY KNFGSVNEDP IFKGNKVPNP EMGYPGGIFD PFGFSKGNLK ELQTKEIKNG R LAMIAYMA ...文字列:
RKLWAPGVVA PEYLKGDLAG DYGWDPLGLG ADPTALKWYR QSELQHARWA MLGVAGVLVQ EIVKPDVYFY EAGLPQNLPE PFTNINMGG LLAWEFILMH WVEVRRWQDY KNFGSVNEDP IFKGNKVPNP EMGYPGGIFD PFGFSKGNLK ELQTKEIKNG R LAMIAYMA FILQAQATGK GPLAALSAHL SNPFGNNILK NIGTCTVPHS VDVQGLTIPL TCLWPGS

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.025 KDa
配列文字列: SRPLWLPGST PPAHLKGDLP GDFGFDPLGL GANAESLKWF KESELVHSRW AMAAVAGILV QEIVRPDVFW YNAGKEVESP LGPLGLLAV EFFLMHWVEV RRWQDLRKPG SVDQDPIFSQ YKLPPHEVGY PGGVFAPFIP GDLAELKVKE IKNGRLAMLA F VGFVMAAQ ...文字列:
SRPLWLPGST PPAHLKGDLP GDFGFDPLGL GANAESLKWF KESELVHSRW AMAAVAGILV QEIVRPDVFW YNAGKEVESP LGPLGLLAV EFFLMHWVEV RRWQDLRKPG SVDQDPIFSQ YKLPPHEVGY PGGVFAPFIP GDLAELKVKE IKNGRLAMLA F VGFVMAAQ VTGKGPIAAL QEHLADPWGT TIFSKAAVVP GQAVAPPCKI PASVSYKGIE IPTPCFLQGL WP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.30534 KDa
配列文字列: VRPVWFPGNP PPAHLDGSLA GDYGFDPLFL GQEPQTLKWY VQAELVHGRF AMLGAAGIIL TSIGAKVGLG FPEWYDAGKV VVEKNNIDF PTLMVIQFYL MGWAETKRWY DFKNPGSQAD GSFLGFTEEF KGLENGYPGG RFFDPMGLSR GDAAKYQEYK Q KEVKNGRL ...文字列:
VRPVWFPGNP PPAHLDGSLA GDYGFDPLFL GQEPQTLKWY VQAELVHGRF AMLGAAGIIL TSIGAKVGLG FPEWYDAGKV VVEKNNIDF PTLMVIQFYL MGWAETKRWY DFKNPGSQAD GSFLGFTEEF KGLENGYPGG RFFDPMGLSR GDAAKYQEYK Q KEVKNGRL AMIACLGFAA QYAATGKGPL DNLADHLADP NHVNFATNGV SNPIA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.293613 KDa
配列文字列: RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK ...文字列:
RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK NGRLAMLAFL GFVAQKYATG AGPVDNLAAH LKDPWHVNYA TNGVSLPFL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #24: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 19.772625 KDa
配列文字列:
PTWLPGLNPP AHLKGALAGD NGFDPLGLGQ DEGRLKWYAE AEKTNGRWAM MAVAGILGQE LLGVTPAWWE AGAKEYDIPA QALTPIEFI VMGFLEIKRY QGFKQTGTSG FINSFPFDPA GMNSPSMATK EVKNGRLAMV AFIGFCVQAL ATRTQPIEGL T AHLADPFG KNITYYLTHL PETL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 276 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #27: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 20 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #28: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 37 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #29: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #31: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #32: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #33: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 56 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #34: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 34 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #35: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 6 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #36: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 6 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 283763
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る