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万見
- EMDB-30499: Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30499
タイトルCryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB from Synechocystis sp. PCC 6803
マップデータ
試料
  • 複合体: SbtA-SbtB complex
    • タンパク質・ペプチド: Slr1512 protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein slr1513
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane / Slr1512 protein / Membrane-associated protein slr1513
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Liu XY / Jiang YL / Wang L / Hou WT / Chen Y / Zhou CZ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDA24020302, XDB37020301 and XDB37020202 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630001 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structures of cyanobacterial bicarbonate transporter SbtA and its complex with PII-like SbtB.
著者: Xiao-Yu Liu / Wen-Tao Hou / Liang Wang / Bo Li / Yu Chen / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou /
履歴
登録2020年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cyf
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.104490094 - 0.16984968
平均 (標準偏差)0.00036056552 (±0.008184638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1040.1700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SbtA-SbtB complex

全体名称: SbtA-SbtB complex
要素
  • 複合体: SbtA-SbtB complex
    • タンパク質・ペプチド: Slr1512 protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein slr1513
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: SbtA-SbtB complex

超分子名称: SbtA-SbtB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 substr. Kazusa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Slr1512 protein

分子名称: Slr1512 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 substr. Kazusa
分子量理論値: 39.671246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ...文字列:
MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ASIEESFSKQ PVAAGDYGDQ TDYPRTRQEY LSQQEPEDNR VKIWPIIEES LQGPALSAML LGLALGIFTK PE SVYEGFY DPLFRGLLSI LMLIMGMEAW SRIGELRKVA QWYVVYSLIA PIVHGFIAFG LGMIAHYATG FSLGGVVVLA VIA ASSSDI SGPPTLRAGI PSANPSAYIG SSTAIGTPIA IGVCIPLFIG LAQTLGAG

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分子 #2: Membrane-associated protein slr1513

分子名称: Membrane-associated protein slr1513 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 substr. Kazusa
分子量理論値: 12.02181 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKPANKLVI VTEKILLKKI AKIIDESGAK GYTVMNTGGK GSRNVRSSGQ PNTSDIEANI KFEILTETRE MAEEIADRVA VKYFNDYAG IIYICSAEVL YGHTFCGPEG C

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl pH=8.0, 300 mM NaCl, 5% glycerol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1332746
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 41547
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7cyf:
Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB from Synechocystis sp. PCC 6803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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