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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30412 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | potassium channel / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Asai T / Adachi N | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM Structure of K-Bound hERG Channel Complexed with the Blocker Astemizole. 著者: Tatsuki Asai / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Hideyuki Oki / Takamitsu Maru / Masato Kawasaki / Kano Suzuki / Sisi Chen / Ryohei Ishii / Kazuko Yonemori / Shigeru Igaki / Satoshi Yasuda / ...著者: Tatsuki Asai / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Hideyuki Oki / Takamitsu Maru / Masato Kawasaki / Kano Suzuki / Sisi Chen / Ryohei Ishii / Kazuko Yonemori / Shigeru Igaki / Satoshi Yasuda / Satoshi Ogasawara / Toshiya Senda / Takeshi Murata / 要旨: The hERG channel is a voltage-gated potassium channel involved in cardiac repolarization. Off-target hERG inhibition by drugs has become a critical issue in the pharmaceutical industry. The three- ...The hERG channel is a voltage-gated potassium channel involved in cardiac repolarization. Off-target hERG inhibition by drugs has become a critical issue in the pharmaceutical industry. The three-dimensional structure of the hERG channel was recently reported at 3.8-Å resolution using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). However, the drug inhibition mechanism remains unclear because of the scarce structural information regarding the drug- and potassium-bound hERG channels. In this study, we obtained the cryo-EM density map of potassium-bound hERG channel complexed with astemizole, a well-known hERG inhibitor that increases risk of potentially fatal arrhythmia, at 3.5-Å resolution. The structure suggested that astemizole inhibits potassium conduction by binding directly below the selectivity filter. Furthermore, we propose a possible binding model of astemizole to the hERG channel and provide insights into the unusual sensitivity of hERG to several drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30412.map.gz | 163.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30412-v30.xml emd-30412.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30412_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30412.png | 79.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30412.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30412 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30412 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30412_validation.pdf.gz | 586 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30412_full_validation.pdf.gz | 585.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30412_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30412_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30412 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30412 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cn0MC 7cn1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10628 (タイトル: Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel / Data size: 1.4 TB Data #1: Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.884 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : potassium channel
全体 | 名称: potassium channel |
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要素 |
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-超分子 #1: potassium channel
超分子 | 名称: potassium channel / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: homo-tetramer |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: potassium channel 1
分子 | 名称: potassium channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 91.792086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPVRRGHVAP QNTFLDTIIR KFEGQSRKFI IANARVENCA VIYCNDGFCE LCGYSRAEVM QRPCTCDFLH GPRTQRRAAA QIAQALLGA EERKVEIAFY RKDGSCFLCL VDVVPVKNED GAVIMFILNF EVVMEKDMVG SSPTSDREII APKIKERTHN V TEKVTQVL ...文字列: MPVRRGHVAP QNTFLDTIIR KFEGQSRKFI IANARVENCA VIYCNDGFCE LCGYSRAEVM QRPCTCDFLH GPRTQRRAAA QIAQALLGA EERKVEIAFY RKDGSCFLCL VDVVPVKNED GAVIMFILNF EVVMEKDMVG SSPTSDREII APKIKERTHN V TEKVTQVL SLGADVLPEY KLQAPRIHRW TILHYSPFKA VWDWLILLLV IYTAVFTPYS AAFLLKETEE GPPATECGYA CQ PLAVVDL IVDIMFIVDI LINFRTTYVN ANEEVVSHPG RIAVHYFKGW FLIDMVAAIP FDLLIFGSGS EELIGLLKTA RLL RLVRVA RKLDRYSEYG AAVLFLLMCT FALIAHWLAC IWYAIGNMEQ PHMDSRIGWL HNLGDQIGKP YNSSGLGGPS IKDK YVTAL YFTFSSLTSV GFGNVSPNTN SEKIFSICVM LIGSLMYASI FGNVSAIIQR LYSGTARYHT QMLRVREFIR FHQIP NPLR QRLEEYFQHA WSYTNGIDMN AVLKGFPECL QADICLHLNR SLLQHCKPFR GATKGCLRAL AMKFKTTHAP PGDTLV HAG DLLTALYFIS RGSIEILRGD VVVAILGKND IFGEPLNLYA RPGKSNGDVR ALTYCDLHKI HRDDLLEVLD MYPEFSD HF WSSLEITFNL RDTNMIPGGR QYQELPRCPA PTPSLLNIPL SSPGRRPRGD VESRLDALQR QLNRLETRLS ADMATVLQ L LQRQMTLVPP AYSAVTTPGP GPTSTSPLLP VSPLPTLTLD SLSQVSQFMA CEELPPGAPE LPQEGPTRRL SLPGQLGAL TSQPLHRHGS DPGSLEVLFQ |
-分子 #2: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 5 seconds (blot force 10). |
詳細 | This sample was mono-disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1496 / 平均露光時間: 56.13 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7cn0: |