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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30400 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NALCN in complex with FAM155A | |||||||||
マップデータ | Main map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu J / Yan Z / Ke M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of the human sodium leak channel NALCN in complex with FAM155A. 著者: Jiongfang Xie / Meng Ke / Lizhen Xu / Shiyi Lin / Jin Huang / Jiabei Zhang / Fan Yang / Jianping Wu / Zhen Yan / 要旨: NALCN, a sodium leak channel expressed mainly in the central nervous system, is responsible for the resting Na permeability that controls neuronal excitability. Dysfunctions of the NALCN ...NALCN, a sodium leak channel expressed mainly in the central nervous system, is responsible for the resting Na permeability that controls neuronal excitability. Dysfunctions of the NALCN channelosome, NALCN with several auxiliary subunits, are associated with a variety of human diseases. Here, we report the cryo-EM structure of human NALCN in complex with FAM155A at an overall resolution of 3.1 angstroms. FAM155A forms extensive interactions with the extracellular loops of NALCN that may help stabilize NALCN in the membrane. A Na ion-binding site, reminiscent of a Ca binding site in Ca channels, is identified in the unique EEKE selectivity filter. Despite its 'leaky' nature, the channel is closed and the intracellular gate is sealed by S6, II-III linker and III-IV linker. Our study establishes the molecular basis of Na permeation and voltage sensitivity, and provides important clues to the mechanistic understanding of NALCN regulation and NALCN channelosome-related diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30400.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30400-v30.xml emd-30400.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30400.png | 38.2 KB | ||
その他 | emd_30400_additional_1.map.gz emd_30400_additional_2.map.gz emd_30400_half_map_1.map.gz emd_30400_half_map_2.map.gz | 833.9 KB 553.3 KB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30400 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30400 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Extracellular region
ファイル | emd_30400_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Extracellular region | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Intracellular region
ファイル | emd_30400_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Intracellular region | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_30400_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halp map2
ファイル | emd_30400_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halp map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of human NALCN with FAM155A
全体 | 名称: Binary complex of human NALCN with FAM155A |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of human NALCN with FAM155A
超分子 | 名称: Binary complex of human NALCN with FAM155A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium leak channel non-selective protein
分子 | 名称: Sodium leak channel non-selective protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 203.616953 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT ...文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT NILKRSGEQI WSVSIFLLFF LLLYGILGVQ MFGTFTYHCV VNDTKPGNVT WNSLAIPDTH CSPELEEGYQ CP PGFKCMD LEDLGLSRQE LGYSGFNEIG TSIFTVYEAA SQEGWVFLMY RAIDSFPRWR SYFYFITLIF FLAWLVKNVF IAV IIETFA EIRVQFQQMW GSRSSTTSTA TTQMFHEDAA GGWQLVAVDV NKPQGRAPAC LQKMMRSSVF HMFILSMVTV DVIV AASNY YKGENFRRQY DEFYLAEVAF TVLFDLEALL KIWCLGFTGY ISSSLHKFEL LLVIGTTLHV YPDLYHSQFT YFQVL RVVR LIKISPALED FVYKIFGPGK KLGSLVVFTA SLLIVMSAIS LQMFCFVEEL DRFTTFPRAF MSMFQILTQE GWVDVM DQT LNAVGHMWAP VVAIYFILYH LFATLILLSL FVAVILDNLE LDEDLKKLKQ LKQSEANADT KEKLPLRLRI FEKFPNR PQ MVKISKLPSD FTVPKIRESF MKQFIDRQQQ DTCCLLRSLP TTSSSSCDHS KRSAIEDNKY IDQKLRKSVF SIRARNLL E KETAVTKILR ACTRQRMLSG SFEGQPAKER SILSVQHHIR QERRSLRHGS NSQRISRGKS LETLTQDHSN TVRYRNAQR EDSEIKMIQE KKEQAEMKRK VQEEELRENH PYFDKPLFIV GREHRFRNFC RVVVRARFNA SKTDPVTGAV KNTKYHQLYD LLGLVTYLD WVMIIVTICS CISMMFESPF RRVMHAPTLQ IAEYVFVIFM SIELNLKIMA DGLFFTPTAV IRDFGGVMDI F IYLVSLIF LCWMPQNVPA ESGAQLLMVL RCLRPLRIFK LVPQMRKVVR ELFSGFKEIF LVSILLLTLM LVFASFGVQL FA GKLAKCN DPNIIRREDC NGIFRINVSV SKNLNLKLRP GEKKPGFWVP RVWANPRNFN FDNVGNAMLA LFEVLSLKGW VEV RDVIIH RVGPIHGIYI HVFVFLGCMI GLTLFVGVVI ANFNENKGTA LLTVDQRRWE DLKSRLKIAQ PLHLPPRPDN DGFR AKMYD ITQHPFFKRT IALLVLAQSV LLSVKWDVED PVTVPLATMS VVFTFIFVLE VTMKIIAMSP AGFWQSRRNR YDLLV TSLG VVWVVLHFAL LNAYTYMMGA CVIVFRFFSI CGKHVTLKML LLTVVVSMYK SFFIIVGMFL LLLCYAFAGV VLFGTV KYG ENINRHANFS SAGKAITVLF RIVTGEDWNK IMHDCMVQPP FCTPDEFTYW ATDCGNYAGA LMYFCSFYVI IAYIMLN LL VAIIVENFSL FYSTEEDQLL SYNDLRHFQI IWNMVDDKRE GVIPTFRVKF LLRLLRGRLE VDLDKDKLLF KHMCYEME R LHNGGDVTFH DVLSMLSYRS VDIRKSLQLE ELLAREQLEY TIEEEVAKQT IRMWLKKCLK RIRAKQQQSC SIIHSLRES QQQELSRFLN PPSIETTQPS EDTNANSQDN SMQPETSSQQ QLLSPTLSDR GGSRQDAADA GKPQRKFGQW RLPSAPKPIS HSVSSVNLR FGGRTTMKSV VCKMNPMTDA ASCGSEVKKW WTRQLTVESD ESGDDLLDIL EDEVDAGSDY KDDDDKGSDY K DDDDK |
-分子 #2: Transmembrane protein FAM155A
分子 | 名称: Transmembrane protein FAM155A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 54.604438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ...文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ETCYPQGASS GQCFTVENAD AVCARNWSRG AAGGDGQEVR SKHPTPLWNL SDFYLSFCNS YTLWELFSGL SS PNTLNCS LDVVLKEGGE MTTCRQCVEA YQDYDHHAQE KYEEFESVLH KYLQSEEYSV KSCPEDCKIV YKAWLCSQYF EVT QFNCRK TIPCKQYCLE VQTRCPFILP DNDEVIYGGL SSFICTGLYE TFLTNDEPEC CDVRREEKSN NPSKGTVEKS GSCH RTSLT VSSATRLCNS RLKLCVLVLI LLHTVLTASA AQNTAGLSFG GINTLEENST NEELEDEVDA GSDYKDDDDK GSDYK DDDD K |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65177 |