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万見
- EMDB-30159: Epstein-Barr virus, C5 penton vertex, CATC absent -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30159
タイトルEpstein-Barr virus, C5 penton vertex, CATC absent
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
  • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
  • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
キーワードC5 penton vertex / CATC absent / tegumented capsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Gammaherpesvirus capsid / Gammaherpesvirus capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Triplex capsid protein 1 / Major capsid protein / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) / Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Li Z / Yu X / Zeng M
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900869 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81830090 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81702001 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0505600 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0502101 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: CryoEM structure of the tegumented capsid of Epstein-Barr virus.
著者: Zhihai Li / Xiao Zhang / Lili Dong / Jingjing Pang / Miao Xu / Qian Zhong / Mu-Sheng Zeng / Xuekui Yu /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, ...Epstein-Barr virus (EBV) is the primary cause of infectious mononucleosis and has been shown to be closely associated with various malignancies. Here, we present a complete atomic model of EBV, including the icosahedral capsid, the dodecameric portal and the capsid-associated tegument complex (CATC). Our in situ portal from the tegumented capsid adopts a closed conformation with its channel valve holding the terminal viral DNA and with its crown region firmly engaged by three layers of ring-like dsDNA, which, together with the penton flexibility, effectively alleviates the capsid inner pressure placed on the portal cap. In contrast, the CATCs, through binding to the flexible penton vertices in a stoichiometric manner, accurately increase the inner capsid pressure to facilitate the pressure-driven genome delivery. Together, our results provide important insights into the mechanism by which the EBV capsid, portal, packaged genome and the CATCs coordinately achieve a pressure balance to simultaneously benefit both viral genome retention and ejection.
履歴
登録2020年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7br8
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7br8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30159.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 393. Å		1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 393. Å		1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 393. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.032553077 - 0.06430781
平均 (標準偏差)0.0020520352 (±0.0057574613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 392.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.000393.000393.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0330.0640.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human gammaherpesvirus 4

全体名称: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
  • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
  • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2

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超分子 #1: Human gammaherpesvirus 4

超分子名称: Human gammaherpesvirus 4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10376 / 生物種: Human gammaherpesvirus 4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 18.1691 KDa
配列文字列:
MARRLPKPTL QGRLEADFPD SPLLPKFQEL NQNNLPNDVF REAQRSYLVF LTSQFCYEEY VQRTFGVPRR QRAIDKRQRA SVAGAGAHA HLGGSSATPV QQAQAAASAG TGALASSAPS TAVAQSATPS VSSSISSLRA ATSGATAAAS AAAAVDTGSG G GGQPHDTA PRGARKKQ

UniProtKB: Small capsomere-interacting protein

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分子 #2: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 154.086828 KDa
配列文字列: MASNEGVENR PFPYLTVDAD LLSNLRQSAA EGLFHSFDLL VGKDAREAGI KFEVLLGVYT NAIQYVRFLE TALAVSCVNT EFKDLSRMT DGKIQFRISV PTIAHGDGRR PSKQRTFIVV KNCHKHHIST EMELSMLDLE ILHSIPETPV EYAEYVGAVK T VASALQFG ...文字列:
MASNEGVENR PFPYLTVDAD LLSNLRQSAA EGLFHSFDLL VGKDAREAGI KFEVLLGVYT NAIQYVRFLE TALAVSCVNT EFKDLSRMT DGKIQFRISV PTIAHGDGRR PSKQRTFIVV KNCHKHHIST EMELSMLDLE ILHSIPETPV EYAEYVGAVK T VASALQFG VDALERGLIN TVLSVKLRHA PPMFILQTLA DPTFTERGFS KTVKSDLIAM FKRHLLEHSF FLDRAENMGS GF SQYVRSR LSEMVAAVSG ESVLKGVSTY TTAKGGEPVG GVFIVTDNVL RQLLTFLGEE ADNQIMGPSS YASFVVRGEN LVT AVSYGR VMRTFEHFMA RIVDSPEKAG STKSDLPAVA AGVEDQPRVP ISAAVIKLGN HAVAVESLQK MYNDTQSPYP LNRR MQYSY YFPVGLFMPN PKYTTSAAIK MLDNPTQQLP VEAWIVNKNN LLLAFNLQNA LKVLCHPRLH TPAHTLNSLN AAPAP RDRR ETYSLQHRRP NHMNVLVIVD EFYDNKYAAP VTDIALKCGL PTEDFLHPSN YDLLRLELHP LYDIYIGRDA GERARH RAV HRLMVGNLPT PLAPAAFQEA RGQQFETATS LAHVVDQAVI ETVQDTAYDT AYPAFFYVVE AMIHGFEEKF VMNVPLV SL CINTYWERSG RLAFVNSFSM IKFICRHLGN NAISKEAYSM YRKIYGELIA LEQALMRLAG SDVVGDESVG QYVCALLD P NLLPPVAYTD IFTHLLTVSD RAPQIIIGNE VYADTLAAPQ FIERVGNMDE MAAQFVALYG YRVNGDHDHD FRLHLGPYV DEGHADVLEK IFYYVFLPTC TNAHMCGLGV DFQHVAQTLA YNGPAFSHHF TRDEDILDNL ENGTLRDLLE ISDLRPTVGM IRDLSASFM TCPTFTRAVR VSVDNDVTQQ LAPNPADKRT EQTVLVNGLV AFAFSERTRA VTQCLFHAIP FHMFYGDPRV A ATMHQDVA TFVMRNPQQR AVEAFNRPEQ LFAEYREWHR SPMGKYAAEC LPSLVSISGM TAMHIKMSPM AYIAQAKLKI HP GVAMTVV RTDEILSENI LFSSRASTSM FIGTPNVSRR EARVDAVTFE VHHEMASIDT GLSYSSTMTP ARVAAITTDM GIH TQDFFS VFPAEAFGNQ QVNDYIKAKV GAQRNGTLLR DPRTYLAGMT NVNGAPGLCH GQQATCEIIV TPVTADVAYF QKSN SPRGR AACVVSCENY NQEVAEGLIY DHSRPDAAYE YRSTVNPWAS QLGSLGDIMY NSSYRQTAVP GLYSPCRAFF NKEEL LRNN RGLYNMVNEY SQRLGGHPAT SNTEVQFVVI AGTDVFLEQP CSFLQEAFPA LSASSRALID EFMSVKQTHA PIHYGH YII EEVAPVRRIL KFGNKVVF

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #3: Triplex capsid protein 1

分子名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 39.231539 KDa
配列文字列: MKVQGSVDRR RLQRRIAGLL PPPARRLNIS RGSEFTRDVR GLVEEHAQAS SLSAAAVWRA GLLAPGEVAV AGGGSGGGSF SWSGWRPPV FGDFLIHASS FNNAEATGTP LFQFKQSDPF SGVDAVFTPL SLFILMNHGR GVAARVEAGG GLTRMANLLY D SPATLADL ...文字列:
MKVQGSVDRR RLQRRIAGLL PPPARRLNIS RGSEFTRDVR GLVEEHAQAS SLSAAAVWRA GLLAPGEVAV AGGGSGGGSF SWSGWRPPV FGDFLIHASS FNNAEATGTP LFQFKQSDPF SGVDAVFTPL SLFILMNHGR GVAARVEAGG GLTRMANLLY D SPATLADL VPDFGRLVAD RRFHNFITPV GPLVENIKST YLNKITTVVH GPVVSKAIPR STVKVTVPQE AFVDLDAWLS GG AGGGGGV CFVGGLGLQP CPADARLYVA LTYEEAGPRF TFFQSSRGHC QIMNILRIYY SPSIMHRYAV VQPLHIEELT FGA VACLGT FSATDGWRRS AFNYRGSSLP VVEIDSFYSN VSDWEVIL

UniProtKB: Triplex capsid protein 1

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分子 #4: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 33.654039 KDa
配列文字列: MDLKVVVSLS SRLYTDEIAK MQQRIGCILP LASTHGTQNV QGLGLGQVYS LETVPDYVSM YNYLSDCTLA VLDEVSVDSL ILTKIVPGQ TYAIKNKYQP FFQWHGTGSL SVMPPVFGRE HATVKLESND VDIVFPMVLP TPIAEEVLQK ILLFNVYSRV V MQAPGNAD ...文字列:
MDLKVVVSLS SRLYTDEIAK MQQRIGCILP LASTHGTQNV QGLGLGQVYS LETVPDYVSM YNYLSDCTLA VLDEVSVDSL ILTKIVPGQ TYAIKNKYQP FFQWHGTGSL SVMPPVFGRE HATVKLESND VDIVFPMVLP TPIAEEVLQK ILLFNVYSRV V MQAPGNAD MLDVHMHLGS VSYLGHHYEL ALPEVPGPLG LALLDNLSLY FCIMVTLLPR ASMRLVRGLI RHEHHDLLNL FQ EMVPDEI ARIDLDDLSV ADDLSRMRVM MTYLQSLASL FNLGPRLATA AYSQETLTAT CWLR

UniProtKB: Triplex capsid protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 137356
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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