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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30129 | |||||||||
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タイトル | Helical stem of the cleaved double-headed nucleocapsids of sendai virus | |||||||||
マップデータ | helical stem of cleaved double-headed nucleocapsids | |||||||||
試料 |
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キーワード | nucleocapsid / Sendai virus / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / Nucleoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Murine respirovirus (ウイルス) / Sendai virus (strain Ohita) (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen Q / Shan H / Zhang N | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structure and assembly of double-headed Sendai virus nucleocapsids. 著者: Na Zhang / Hong Shan / Mingdong Liu / Tianhao Li / Rui Luo / Liuyan Yang / Lei Qi / Xiaofeng Chu / Xin Su / Rui Wang / Yunhui Liu / Wenzhi Sun / Qing-Tao Shen / 要旨: Paramyxoviruses, including the mumps virus, measles virus, Nipah virus and Sendai virus (SeV), have non-segmented single-stranded negative-sense RNA genomes which are encapsidated by nucleoproteins ...Paramyxoviruses, including the mumps virus, measles virus, Nipah virus and Sendai virus (SeV), have non-segmented single-stranded negative-sense RNA genomes which are encapsidated by nucleoproteins into helical nucleocapsids. Here, we reported a double-headed SeV nucleocapsid assembled in a tail-to-tail manner, and resolved its helical stems and clam-shaped joint at the respective resolutions of 2.9 and 3.9 Å, via cryo-electron microscopy. Our structures offer important insights into the mechanism of the helical polymerization, in particular via an unnoticed exchange of a N-terminal hole formed by three loops of nucleoproteins, and unveil the clam-shaped joint in a hyper-closed state for nucleocapsid dimerization. Direct visualization of the loop from the disordered C-terminal tail provides structural evidence that C-terminal tail is correlated to the curvature of nucleocapsid and links nucleocapsid condensation and genome replication and transcription with different assembly forms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30129.map.gz | 332.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30129-v30.xml emd-30129.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30129_fsc.xml | 18.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30129.png | 230.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30129.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30129 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30129_validation.pdf.gz | 632.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30129_full_validation.pdf.gz | 632.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30129_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30129_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30129 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | helical stem of cleaved double-headed nucleocapsids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : cleaved double-headed nucleocapsid of sendai virus
全体 | 名称: cleaved double-headed nucleocapsid of sendai virus |
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要素 |
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-超分子 #1: cleaved double-headed nucleocapsid of sendai virus
超分子 | 名称: cleaved double-headed nucleocapsid of sendai virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Murine respirovirus (ウイルス) |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sendai virus (strain Ohita) (ウイルス) / 株: Ohita |
分子量 | 理論値: 57.20002 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGLLSTFDT FSSRRSESIN KSGGGAVIPG QRSTVSVFVL GPSVTDDADK LSIATTFLAH SLDTDKQHSQ RGGFLVSLLA MAYSSPELY LTTNGVNADV KYVIYNIEKD PKRTKTDGFI VKTRDMEYER TTEWLFGPMV NKSPLFQGQR DAADPDTLLQ I YGYPACLG ...文字列: MAGLLSTFDT FSSRRSESIN KSGGGAVIPG QRSTVSVFVL GPSVTDDADK LSIATTFLAH SLDTDKQHSQ RGGFLVSLLA MAYSSPELY LTTNGVNADV KYVIYNIEKD PKRTKTDGFI VKTRDMEYER TTEWLFGPMV NKSPLFQGQR DAADPDTLLQ I YGYPACLG AIIVQVWIVL VKAITSSAGL RKGFFNRLEA FRQDGTVKGA LVFTGETVEG IGSVMRSQQS LVSLMVETLV TM NTARSDL TTLEKNIQIV GNYIRDAGLA SFMNTIKYGV ETKMAALTLS NLRPDINKLR SLIDTYLSKG PRAPFICILK DPV HGEFAP GNYPALWSYA MGVAVVQNKA MQQYVTGRTY LDMEMFLLGQ AVAKDAESKI SSALEDELGV TDTAKERLRH HLAN LSGGD GAYHKPTGGG AIEVALDNAD IDLEPEAHTD QDARGWGGDS GDRWARSMGS GHFITLHGAE RLEEETNDED VSDIE RRIA RRLAERRQED ATTHEDEGRN NGVDHDEEDD AAAAAGMGGI UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.792037 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 0.068 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |