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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wvw | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / COMPLEX ASSEMBLY / PHOTORESPIRATION / DISULFIDE BOND / CARBON FIXATION / LYASE / CHAPERONE / CALVIN CYCLE / CARBON DIOXIDE FIXATION / MONOOXYGENASE / METAL-BINDING / OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / photorespiration / carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / protein folding chaperone / monooxygenase activity ...ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / photorespiration / carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / protein folding chaperone / monooxygenase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) ANABAENA SP. CA (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, C. / Young, A.L. / Starling-Windhof, A. / Bracher, A. / Saschenbrecker, S. / Rao, B.V. / Rao, K.V. / Berninghausen, O. / Mielke, T. / Hartl, F.U. ...Liu, C. / Young, A.L. / Starling-Windhof, A. / Bracher, A. / Saschenbrecker, S. / Rao, B.V. / Rao, K.V. / Berninghausen, O. / Mielke, T. / Hartl, F.U. / Beckmann, R. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: Coupled chaperone action in folding and assembly of hexadecameric Rubisco. 著者: Cuimin Liu / Anna L Young / Amanda Starling-Windhof / Andreas Bracher / Sandra Saschenbrecker / Bharathi Vasudeva Rao / Karnam Vasudeva Rao / Otto Berninghausen / Thorsten Mielke / F Ulrich ...著者: Cuimin Liu / Anna L Young / Amanda Starling-Windhof / Andreas Bracher / Sandra Saschenbrecker / Bharathi Vasudeva Rao / Karnam Vasudeva Rao / Otto Berninghausen / Thorsten Mielke / F Ulrich Hartl / Roland Beckmann / Manajit Hayer-Hartl / 要旨: Form I Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis. The ...Form I Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis. The limited catalytic efficiency of Rubisco has sparked extensive efforts to re-engineer the enzyme with the goal of enhancing agricultural productivity. To facilitate such efforts we analysed the formation of cyanobacterial form I Rubisco by in vitro reconstitution and cryo-electron microscopy. We show that RbcL subunit folding by the GroEL/GroES chaperonin is tightly coupled with assembly mediated by the chaperone RbcX(2). RbcL monomers remain partially unstable and retain high affinity for GroEL until captured by RbcX(2). As revealed by the structure of a RbcL(8)-(RbcX(2))(8) assembly intermediate, RbcX(2) acts as a molecular staple in stabilizing the RbcL subunits as dimers and facilitates RbcL(8) core assembly. Finally, addition of RbcS results in RbcX(2) release and holoenzyme formation. Specific assembly chaperones may be required more generally in the formation of complex oligomeric structures when folding is closely coupled to assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wvw.cif.gz | 899.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wvw.ent.gz | 739.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wvw_validation.pdf.gz | 971.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wvw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2wvw_validation.xml.gz | 171.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wvw_validation.cif.gz | 232.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52516.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: PCC 6301 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00880, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 17694.930 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANABAENA SP. CA (バクテリア) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q44212 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RBCL8-X8 RUBISCO ASSEMBLY INTERMEDIATE CONTAINING 8 COPIES OF THE LARGE RUBISCO SUBUNIT RBCL AND EIGHT COPIES OF THE DIMERIC ASSEMBLY CHAPERONE RBCX2. タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 / pH: 8.7 / 詳細: 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: QUANTIFOIL GRIDS (3/3) WITH 2 NM CARBON ON TOP / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: VITROBOT USED, LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 38900 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 温度: 85 K / 傾斜角・最大: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 56 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EMAN / バージョン: 1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: STANDARD EMAN REFINE PROCEDURE / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 11104 / ピクセルサイズ(公称値): 1.63 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.63 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: METHOD--MANUAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3HYB | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
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