PDB-2jes: Portal protein (gp6) from bacteriophage SPP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jes

タイトル

Portal protein (gp6) from bacteriophage SPP1

要素

PORTAL PROTEIN
UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE SPP1 / DNA TRANSLOCATION / MOLECULAR MOTOR / VIRAL PORTAL PROTEIN

機能・相同性

Portal protein, SPP1-type / Portal protein / Phage portal protein, SPP1 Gp6-like / viral DNA genome packaging, headful / viral procapsid / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / : / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

BACTERIOPHAGE SPP1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Lebedev, A.A. / Krause, M.H. / Isidro, A.L. / Vagin, A.A. / Orlova, E.V. / Turner, J. / Dodson, E.J. / Tavares, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Framework for DNA Translocation Via the Viral Portal Protein
著者: Lebedev, A.A. / Krause, M.H. / Isidro, A.L. / Vagin, A.A. / Orlova, E.V. / Turner, J. / Dodson, E.J. / Tavares, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2007年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年3月29日	Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jes.cif.gz	854.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jes.ent.gz	679 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qx5-d 30138 6tjp-d 7cg3-d 3ja7-d 3323 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
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レグマイン (Legumain)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
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バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
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Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PORTAL PROTEIN

B: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

C: PORTAL PROTEIN

D: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

E: PORTAL PROTEIN

F: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

G: PORTAL PROTEIN

H: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

I: PORTAL PROTEIN

J: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

K: PORTAL PROTEIN

L: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

M: PORTAL PROTEIN

N: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

O: PORTAL PROTEIN

P: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

Q: PORTAL PROTEIN

R: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

S: PORTAL PROTEIN

T: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

U: PORTAL PROTEIN

V: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

W: PORTAL PROTEIN

X: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

Y: PORTAL PROTEIN

Z: UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN

ヘテロ分子

783 kDa, 26 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.314, 221.405, 421.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	88 - 139
2	1	1	2	C	88 - 139
3	1	1	2	E	88 - 139
4	1	1	2	G	88 - 139
5	1	1	2	I	88 - 139
6	1	1	2	K	88 - 139
7	1	1	2	M	88 - 139
8	1	1	2	O	88 - 139
9	1	1	2	Q	88 - 139
10	1	1	2	S	88 - 139
11	1	1	2	U	88 - 139
12	1	1	2	W	88 - 139
13	1	1	2	Y	88 - 139
1	2	1	2	A	345 - 466
2	2	1	2	C	345 - 466
3	2	1	2	E	345 - 466
4	2	1	2	G	345 - 466
5	2	1	2	I	345 - 466
6	2	1	2	K	345 - 466
7	2	1	2	M	345 - 466
8	2	1	2	O	345 - 466
9	2	1	2	Q	345 - 466
10	2	1	2	S	345 - 466
11	2	1	2	U	345 - 466
12	2	1	2	W	345 - 466
13	2	1	2	Y	345 - 466
1	1	2	2	A	55 - 87
2	1	2	2	C	55 - 87
3	1	2	2	E	55 - 87
4	1	2	2	G	55 - 87
5	1	2	2	I	55 - 87
6	1	2	2	K	55 - 87
7	1	2	2	M	55 - 87
8	1	2	2	O	55 - 87
9	1	2	2	Q	55 - 87
10	1	2	2	S	55 - 87
11	1	2	2	U	55 - 87
12	1	2	2	W	55 - 87
13	1	2	2	Y	55 - 87
1	2	2	2	A	259 - 344
2	2	2	2	C	259 - 344
3	2	2	2	E	259 - 344
4	2	2	2	G	259 - 344
5	2	2	2	I	259 - 344
6	2	2	2	K	259 - 344
7	2	2	2	M	259 - 344
8	2	2	2	O	259 - 344
9	2	2	2	Q	259 - 344
10	2	2	2	S	259 - 344
11	2	2	2	U	259 - 344
12	2	2	2	W	259 - 344
13	2	2	2	Y	259 - 344
1	3	2	2	A	701 - 801
2	3	2	2	C	701 - 801
3	3	2	2	E	701 - 801
4	3	2	2	G	701 - 801
5	3	2	2	I	701 - 801
6	3	2	2	K	701 - 801
7	3	2	2	M	701 - 801
8	3	2	2	O	701 - 801
9	3	2	2	Q	701 - 801
10	3	2	2	S	701 - 801
11	3	2	2	U	701 - 801
12	3	2	2	W	701 - 801
13	3	2	2	Y	701 - 801
1	1	3	2	A	27 - 54
2	1	3	2	C	27 - 54
3	1	3	2	E	27 - 54
4	1	3	2	G	27 - 54
5	1	3	2	I	27 - 54
6	1	3	2	K	27 - 54
7	1	3	2	M	27 - 54
8	1	3	2	O	27 - 54
9	1	3	2	Q	27 - 54
10	1	3	2	S	27 - 54
11	1	3	2	U	27 - 54
12	1	3	2	W	27 - 54
13	1	3	2	Y	27 - 54
1	2	3	2	A	140 - 169
2	2	3	2	C	140 - 169
3	2	3	2	E	140 - 169
4	2	3	2	G	140 - 169
5	2	3	2	I	140 - 169
6	2	3	2	K	140 - 169
7	2	3	2	M	140 - 169
8	2	3	2	O	140 - 169
9	2	3	2	Q	140 - 169
10	2	3	2	S	140 - 169
11	2	3	2	U	140 - 169
12	2	3	2	W	140 - 169
13	2	3	2	Y	140 - 169
1	3	3	2	A	239 - 258
2	3	3	2	C	239 - 258
3	3	3	2	E	239 - 258
4	3	3	2	G	239 - 258
5	3	3	2	I	239 - 258
6	3	3	2	K	239 - 258
7	3	3	2	M	239 - 258
8	3	3	2	O	239 - 258
9	3	3	2	Q	239 - 258
10	3	3	2	S	239 - 258
11	3	3	2	U	239 - 258
12	3	3	2	W	239 - 258
13	3	3	2	Y	239 - 258
1	1	4	2	B	1 - 30
2	1	4	2	D	1 - 30
3	1	4	2	F	1 - 30
4	1	4	2	H	1 - 30
5	1	4	2	J	1 - 30
6	1	4	2	L	1 - 30
7	1	4	2	N	1 - 30
8	1	4	2	P	1 - 30
9	1	4	2	R	1 - 30
10	1	4	2	T	1 - 30
11	1	4	2	V	1 - 30
12	1	4	2	X	1 - 30
13	1	4	2	Z	1 - 30

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	PORTAL PROTEIN / PORTAL VERTEX PROTEIN / GP6 分子量: 57405.355 Da / 分子数: 13 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE GENE 6 ALLELE CARRYING MUTATION SIZA (N365K) WAS CLONED FROM THE GENOME OF BACTERIOPHAGE SPP1 SIZA MUTANT 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE SPP1 (ファージ) / Variant: SIZA MUTANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54309
#2: タンパク質・ペプチド	UNIDENTIFIED FRAGMENT OF PORTAL PROTEIN 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 69 RESIDUE SEGMENTS (FROM 170 TO 238) OF CHAINS A, C, E, G, I, K, M, O, Q, S, U, W, Y ARE PARTIALLY MODELLED BY 30 RESIDUE POLYALANINE SEGMENTS REPRESENTED AS CHAINS B, D, F, H, J, L, N, P, R, T, V, X, Z 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE SPP1 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 365 TO LYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN O, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN Q, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN S, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN U, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN W, ASN 365 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN Y, ASN 365 TO LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	pH: 7.6 詳細: 8 MG/ML PORTAL PROTEIN, 20% PEG 400, 100 MM CACL2, 50 MM HEPES PH 7.6, 10% GLYCEROL, 0.5 MM HGCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.004
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 111682 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.4→39.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 86.295 / SU ML: 0.637 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.319	1121	1 %	RANDOM
R_work	0.288	-	-	-
obs	0.289	110287	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39234	0	26	0	39260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	40001
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.947	54405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.441	5	5161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.44	25.18	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.292	15	6123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.73	15	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	6175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	30732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	17507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	27406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.433	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.365	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 0.15

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	696	tight positional	0.09
1	2	C	696	tight positional	0.08
1	3	E	696	tight positional	0.08
1	4	G	696	tight positional	0.08
1	5	I	696	tight positional	0.09
1	6	K	696	tight positional	0.08
1	7	M	696	tight positional	0.08
1	8	O	696	tight positional	0.08
1	9	Q	696	tight positional	0.09
1	10	S	696	tight positional	0.11
1	11	U	696	tight positional	0.11
1	12	W	696	tight positional	0.09
1	13	Y	696	tight positional	0.09
2	1	A	477	tight positional	0.08
2	2	C	477	tight positional	0.09
2	3	E	477	tight positional	0.09
2	4	G	477	tight positional	0.09
2	5	I	477	tight positional	0.09
2	6	K	477	tight positional	0.09
2	7	M	477	tight positional	0.09
2	8	O	477	tight positional	0.1
2	9	Q	477	tight positional	0.09
2	10	S	477	tight positional	0.11
2	11	U	477	tight positional	0.09
2	12	W	477	tight positional	0.09
2	13	Y	477	tight positional	0.09
3	1	A	304	tight positional	0.08
3	2	C	304	tight positional	0.09
3	3	E	304	tight positional	0.08
3	4	G	304	tight positional	0.08
3	5	I	304	tight positional	0.09
3	6	K	304	tight positional	0.08
3	7	M	304	tight positional	0.08
3	8	O	304	tight positional	0.08
3	9	Q	304	tight positional	0.1
3	10	S	304	tight positional	0.12
3	11	U	304	tight positional	0.13
3	12	W	304	tight positional	0.09
3	13	Y	304	tight positional	0.08
4	1	B	120	tight positional	0.09
4	2	D	120	tight positional	0.07
4	3	F	120	tight positional	0.08
4	4	H	120	tight positional	0.09
4	5	J	120	tight positional	0.11
4	6	L	120	tight positional	0.09
4	7	N	120	tight positional	0.09
4	8	P	120	tight positional	0.1
4	9	R	120	tight positional	0.1
4	10	T	120	tight positional	0.12
4	11	V	120	tight positional	0.14
4	12	X	120	tight positional	0.09
4	13	Z	120	tight positional	0.09
1	1	A	631	medium positional	0.13
1	2	C	631	medium positional	0.11
1	3	E	631	medium positional	0.13
1	4	G	631	medium positional	0.11
1	5	I	631	medium positional	0.12
1	6	K	631	medium positional	0.12
1	7	M	631	medium positional	0.12
1	8	O	631	medium positional	0.12
1	9	Q	631	medium positional	0.13
1	10	S	631	medium positional	0.17
1	11	U	631	medium positional	0.15
1	12	W	631	medium positional	0.12
1	13	Y	631	medium positional	0.12
2	1	A	452	medium positional	0.11
2	2	C	452	medium positional	0.13
2	3	E	452	medium positional	0.12
2	4	G	452	medium positional	0.13
2	5	I	452	medium positional	0.13
2	6	K	452	medium positional	0.13
2	7	M	452	medium positional	0.14
2	8	O	452	medium positional	0.13
2	9	Q	452	medium positional	0.14
2	10	S	452	medium positional	0.15
2	11	U	452	medium positional	0.14
2	12	W	452	medium positional	0.12
2	13	Y	452	medium positional	0.12
3	1	A	305	medium positional	0.11
3	2	C	305	medium positional	0.12
3	3	E	305	medium positional	0.09
3	4	G	305	medium positional	0.11
3	5	I	305	medium positional	0.11
3	6	K	305	medium positional	0.11
3	7	M	305	medium positional	0.1
3	8	O	305	medium positional	0.11
3	9	Q	305	medium positional	0.13
3	10	S	305	medium positional	0.15
3	11	U	305	medium positional	0.17
3	12	W	305	medium positional	0.11
3	13	Y	305	medium positional	0.1
4	1	B	30	medium positional	0.08
4	2	D	30	medium positional	0.08
4	3	F	30	medium positional	0.1
4	4	H	30	medium positional	0.08
4	5	J	30	medium positional	0.11
4	6	L	30	medium positional	0.1
4	7	N	30	medium positional	0.09
4	8	P	30	medium positional	0.1
4	9	R	30	medium positional	0.1
4	10	T	30	medium positional	0.14
4	11	V	30	medium positional	0.12
4	12	X	30	medium positional	0.11
4	13	Z	30	medium positional	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.348	95
R_work	0.355	7984

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6291	-0.1496	-0.2716	2.6096	1.0708	1.9641	0.0447	-0.5877	-0.3975	0.4496	-0.1688	0.0383	0.645	0.2248	0.1241	-0.0627	0.085	0.1595	-0.4448	0.6221	-0.9991	114.6734	63.4112	77.573
2	0.0807	0.1232	-0.2782	0.1881	-0.4247	0.9589	0.154	0.8943	0.2466	-0.8029	0.0429	0.0377	-0.515	-0.1472	-0.1969	0.3797	0.2702	0.2111	0.2887	0.1971	-0.0551	115.2279	100.8634	8.7289
3	1.8821	0.058	-0.5254	1.7675	-0.6136	1.6313	0.0745	0.2949	-0.5608	-0.1894	-0.0057	0.6267	0.6328	-0.6636	-0.0688	-0.136	-0.3497	-0.0661	0.0878	-0.1266	-0.2228	72.2454	55.7686	36.2423
4	2.4618	0.0599	-0.3114	2.7128	-0.669	1.0628	0.0008	0.447	-0.9261	-0.1869	-0.0336	0.609	0.8377	-0.4716	0.0328	0.3803	-0.3193	-0.0187	-0.1708	-0.31	-0.1675	89.4299	40.9577	28.3275
5	2.3363	0.6944	-0.1614	3.2555	-0.7561	0.9816	0.0603	0.376	-1.0623	-0.1851	-0.0789	0.1096	0.8712	-0.1238	0.0186	0.5083	0.1529	0.1102	-0.429	-0.2318	-0.1175	112.45	34.833	25.1827
6	2.4175	0.1988	0.0324	3.1739	-0.335	1.2797	0.0933	0.2163	-1.0299	-0.1466	-0.0082	-0.2584	0.8529	0.2143	-0.0851	0.3213	0.4998	0.2263	-0.3707	-0.0162	-0.2662	136.0318	38.7977	27.5282
7	1.9474	0.2078	0.1482	2.8808	-0.2013	1.1486	0.1155	-0.176	-0.6466	0.0529	0.0244	-0.5927	0.6565	0.5173	-0.1398	0.0227	0.6175	0.2522	-0.0561	0.2533	-0.4222	154.7732	51.9435	34.8268
8	2.1865	-0.615	0.787	2.6049	-0.2254	1.6926	0.2303	-0.2859	-0.1977	0.1111	0.0651	-0.6735	0.374	1.0266	-0.2954	-0.4591	0.4014	0.2391	0.4077	0.2175	-0.4234	164.3806	71.2587	45.4063
9	2.5739	-0.5976	1.3628	2.7577	-0.1258	2.4614	0.1941	-0.2236	0.1479	0.3203	0.1037	-0.8707	-0.1065	1.2352	-0.2979	-0.6004	-0.0298	0.2632	0.5068	0.0413	-0.39	162.6531	92.3187	56.8433
10	2.2929	-0.3468	1.3523	1.9711	0.0168	2.8721	0.1347	-0.4295	0.4745	0.3338	0.0903	-0.6469	-0.4726	0.7833	-0.225	-0.2876	-0.4044	0.3841	0.0935	-0.0445	-0.4202	149.9865	110.2987	66.5175
11	2.5557	-0.1687	1.163	1.9233	0.598	3.4851	0.2164	-0.5169	0.7025	0.3613	0.0015	-0.3489	-0.7172	0.4839	-0.2179	-0.0807	-0.3621	0.5347	-0.4857	-0.1093	-0.4473	129.2827	121.0799	72.2128
12	1.7381	0.2197	0.8116	1.4685	0.5582	4.428	0.3254	-0.2348	0.5646	0.1203	-0.1434	0.0892	-0.8311	0.0291	-0.1819	-0.1276	-0.0211	0.6682	-0.8566	0.1014	-0.5203	105.2843	122.1921	72.6244
13	1.6268	-0.5267	-0.5377	1.2133	0.5042	4.1624	0.1253	-0.0622	0.2326	0.0342	-0.0289	0.2443	-0.6402	-0.5488	-0.0964	-0.3608	0.2783	0.4681	-0.5777	0.2962	-0.5382	83.4895	113.3808	67.658
14	2.0238	0.0448	-0.7284	1.5518	0.2789	3.2273	0.2283	0.0152	0.1325	0.0463	-0.2281	0.6562	-0.2206	-0.8364	-0.0002	-0.651	0.2192	0.2241	-0.0565	0.2566	-0.3734	68.8909	96.6646	58.4515
15	1.8726	0.4359	-1.1985	2.1883	-0.2966	2.2182	0.168	0.3765	-0.2168	0.1428	-0.1376	0.8323	0.2033	-0.9364	-0.0305	-0.6282	-0.056	0.0548	0.2835	0.1119	-0.2527	64.833	75.8728	47.1138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	420 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	1	C	420 - 466
3	X-RAY DIFFRACTION	1	E	420 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	1	G	420 - 466
5	X-RAY DIFFRACTION	1	I	420 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	1	K	420 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	1	M	420 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	1	O	420 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	1	Q	420 - 466
10	X-RAY DIFFRACTION	1	S	420 - 466
11	X-RAY DIFFRACTION	1	U	420 - 466
12	X-RAY DIFFRACTION	1	W	420 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	1	Y	420 - 466
14	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 320
15	X-RAY DIFFRACTION	2	C	285 - 320
16	X-RAY DIFFRACTION	2	E	285 - 320
17	X-RAY DIFFRACTION	2	G	285 - 320
18	X-RAY DIFFRACTION	2	I	285 - 320
19	X-RAY DIFFRACTION	2	K	285 - 320
20	X-RAY DIFFRACTION	2	M	285 - 320
21	X-RAY DIFFRACTION	2	O	285 - 320
22	X-RAY DIFFRACTION	2	Q	285 - 320
23	X-RAY DIFFRACTION	2	S	285 - 320
24	X-RAY DIFFRACTION	2	U	285 - 320
25	X-RAY DIFFRACTION	2	W	285 - 320
26	X-RAY DIFFRACTION	2	Y	285 - 320
27	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 284
28	X-RAY DIFFRACTION	3	A	321 - 419
29	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 30
30	X-RAY DIFFRACTION	4	C	27 - 284
31	X-RAY DIFFRACTION	4	C	321 - 419
32	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 30
33	X-RAY DIFFRACTION	5	E	27 - 284
34	X-RAY DIFFRACTION	5	E	321 - 419
35	X-RAY DIFFRACTION	5	F	1 - 30
36	X-RAY DIFFRACTION	6	G	27 - 284
37	X-RAY DIFFRACTION	6	G	321 - 419
38	X-RAY DIFFRACTION	6	H	1 - 30
39	X-RAY DIFFRACTION	7	I	27 - 284
40	X-RAY DIFFRACTION	7	I	321 - 419
41	X-RAY DIFFRACTION	7	J	1 - 30
42	X-RAY DIFFRACTION	8	K	27 - 284
43	X-RAY DIFFRACTION	8	K	321 - 419
44	X-RAY DIFFRACTION	8	L	1 - 30
45	X-RAY DIFFRACTION	9	M	27 - 284
46	X-RAY DIFFRACTION	9	M	321 - 419
47	X-RAY DIFFRACTION	9	N	1 - 30
48	X-RAY DIFFRACTION	10	O	27 - 284
49	X-RAY DIFFRACTION	10	O	321 - 419
50	X-RAY DIFFRACTION	10	P	1 - 30
51	X-RAY DIFFRACTION	11	Q	27 - 284
52	X-RAY DIFFRACTION	11	Q	321 - 419
53	X-RAY DIFFRACTION	11	R	1 - 30
54	X-RAY DIFFRACTION	12	S	27 - 284
55	X-RAY DIFFRACTION	12	S	321 - 419
56	X-RAY DIFFRACTION	12	T	1 - 30
57	X-RAY DIFFRACTION	13	U	27 - 284
58	X-RAY DIFFRACTION	13	U	321 - 419
59	X-RAY DIFFRACTION	13	V	1 - 30
60	X-RAY DIFFRACTION	14	W	27 - 284
61	X-RAY DIFFRACTION	14	W	321 - 419
62	X-RAY DIFFRACTION	14	X	1 - 30
63	X-RAY DIFFRACTION	15	Y	27 - 284
64	X-RAY DIFFRACTION	15	Y	321 - 419
65	X-RAY DIFFRACTION	15	Z	1 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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