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- PDB-2zxn: A New Class of Vitamin D Receptor Ligands that Induce Structural ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxn
タイトルA New Class of Vitamin D Receptor Ligands that Induce Structural Rearrangement of the Ligand-binding Pocket
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor-agonist complex / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of parathyroid hormone secretion / negative regulation of bone trabecula formation / mammary gland branching involved in pregnancy / Vitamin D (calciferol) metabolism / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / cellular response to vitamin D ...positive regulation of parathyroid hormone secretion / negative regulation of bone trabecula formation / mammary gland branching involved in pregnancy / Vitamin D (calciferol) metabolism / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / cellular response to vitamin D / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / vitamin D binding / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / intestinal absorption / response to aldosterone / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / phosphate ion transmembrane transport / nuclear vitamin D receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / decidualization / regulation of calcium ion transport / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / lactation / intracellular receptor signaling pathway / skeletal system development / heterochromatin / animal organ morphogenesis / T-tubule / apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / cell morphogenesis / euchromatin / response to calcium ion / RNA polymerase II transcription regulator complex / caveola / intracellular calcium ion homeostasis / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor activity / cellular response to amyloid-beta / nuclear matrix / calcium ion transport / heart development / response to estradiol / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / signaling receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JC1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakabayashi, M. / Ikura, T. / Ito, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: A New Class of Vitamin D Analogues that Induce Structural Rearrangement of the Ligand-Binding Pocket of the Receptor
著者: Inaba, Y. / Yoshimoto, N. / Sakamaki, Y. / Nakabayashi, M. / Ikura, T. / Tamamura, H. / Ito, N. / Shimizu, M. / Yamamoto, K.
履歴
登録2009年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5973
ポリマ－32,1662
非ポリマー4311
水90150
1
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0262
ポリマ－30,5951
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5711
ポリマ－1,5711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.158, 43.879, 41.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain, UNP residues 116-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nr1i1, Vdr / プラスミド: PET-14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator complex subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: Drip 205 NR2 box peptide, UNP residues 624-636 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: A1L0Z0
#3: 化合物 ChemComp-JC1 / (1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2S,3S)-3-(2-hydroxyethyl)heptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 430.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H46O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG4000, Ethyleneglycol, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16470 / % possible obs: 97.5 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RK3

1rk3


解像度: 2.1→42.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 135007.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1523 10.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 15068 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.6505 Å2 / ksol: 0.352844 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.87 Å20 Å2-4.74 Å2
2--26.68 Å20 Å2
3----7.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 31 50 2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.634
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.665
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 226 10.4 %
Rwork0.31 1953 -
obs--81.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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