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- PDB-2znn: Human PPAR alpha ligand binding domain in complex with a syntheti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2znn
タイトルHuman PPAR alpha ligand binding domain in complex with a synthetic agonist TIPP703
要素Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PPAR / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of blood pressure / nitric oxide metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to starvation / gluconeogenesis / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / fatty acid metabolic process / wound healing / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / response to insulin / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / : / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / gene expression / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / lipid binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S44 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Oyama, T. / Toyota, K. / Kasuga, J. / Miyachi, H. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Adaptability and selectivity of human peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) pan agonists revealed from crystal structures
著者: Oyama, T. / Toyota, K. / Waku, T. / Hirakawa, Y. / Nagasawa, N. / Kasuga, J. / Hashimoto, Y. / Miyachi, H. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) agonists with a 3,4-dihydro-2H-benzo[e][1,3]oxazine and 2,3,4,5-tetrahydrobenzo[f][1,4]oxazepine skeleton: effects of the ...タイトル: Peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) agonists with a 3,4-dihydro-2H-benzo[e][1,3]oxazine and 2,3,4,5-tetrahydrobenzo[f][1,4]oxazepine skeleton: effects of the conformational restriction on PPAR agonistic acivity
著者: Ohkane, K. / Kasuga, J. / Oyama, T. / Hirakawa, Y. / Morikawa, K. / Makishima, M. / Hashimoto, Y. / Miyachi, H.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Improvement of the transactivation activity of phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-acitvated rectpror pan agonists; effect of introduction of fluorine at the linker part
著者: Kasuga, J. / Oyama, T. / Hirakawa, Y. / Makishima, M. / Morikawa, K. / Hashimoto, Y. / Miyachi, H.
履歴
登録2008年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32016年3月2日Group: Structure summary
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3602
ポリマ－30,8561
非ポリマー5041
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.370, 61.530, 53.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07869
#2: 化合物 ChemComp-S44 / (2S)-2-(4-propoxy-3-{[({4-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]phenyl}carbonyl)amino]methyl}benzyl)butanoic acid / (S)-2-{3-[(4-adamantan-1-ylbenzoylamino)methyl]-4-propoxybenzyl} butyric acid / TIPP-703


分子量: 503.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H41NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月13日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18142 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Num. unique all: 1646 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1I7G

1i7g


解像度: 2.01→35.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 114228.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 853 4.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 17589 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8196 Å2 / ksol: 0.380038 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.78 Å20 Å25.46 Å2
2---2.32 Å20 Å2
3----4.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 37 146 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 134 5.5 %
Rwork0.252 2282 -
obs--77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3703_param.txt703_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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