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- PDB-2zba: Crystal Structure of F. sporotrichioides TRI101 complexed with Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zba
タイトルCrystal Structure of F. sporotrichioides TRI101 complexed with Coenzyme A and T-2
要素Trichothecene 3-O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / BAHD superfamily / trichothecene / deoxynivalenol / T-2 / acetyl CoA / Fusarium / TRI101
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Trichothecene 3-O-acetyltransferase-like N-terminal domain / : / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-ZBA / Trichothecene 3-O-acetyltransferase TRI101
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium sporotrichioides (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garvey, G.S. / McCormick, S.P. / Rayment, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Characterization of the TRI101 Trichothecene 3-O-Acetyltransferase from Fusarium sporotrichioides and Fusarium graminearum: KINETIC INSIGHTS TO COMBATING FUSARIUM HEAD BLIGHT
著者: Garvey, G.S. / McCormick, S.P. / Rayment, I.
履歴
登録2007年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
B: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
C: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
D: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,17316
ポリマ－203,9944
非ポリマー5,17912
水16,430912
1
A: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3115
ポリマ－50,9991
非ポリマー1,3124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3094
ポリマ－50,9991
非ポリマー1,3103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－50,9991
非ポリマー1,3243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Trichothecene 3-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2313
ポリマ－50,9991
非ポリマー1,2322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.973, 81.966, 113.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Trichothecene 3-O-acetyltransferase


分子量: 50998.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium sporotrichioides (菌類) / 遺伝子: TRI101 / Plasmid details: rTEV cleavable N terminal His Tag / プラスミド: pET31b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O94197

-
非ポリマー , 6種, 924分子

#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-ZBA / 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate


分子量: 464.505 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32O9
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 2.1M sodium malonate, 100 mM 3-N-morpholino propanesulfonic acid, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: .97907,.97924
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979071
20.979241
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 118024 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.603 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 5205 5 %RANDOM
Rwork0.19854 ---
obs0.20114 99193 88.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.15 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12793 0 333 912 14038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02213463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4982.00718320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9451684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65623.626513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.129152153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0141590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.26548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.29078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7191.58683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.144213547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77235448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5044.54751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 303 -
Rwork0.232 5991 -
obs--72.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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