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万見
- PDB-2z71: Structure of truncated mutant CYS1GLY of penicillin V acylase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z71
タイトルStructure of truncated mutant CYS1GLY of penicillin V acylase from bacillus sphaericus co-crystallized with penicillin V
要素Penicillin acylase
キーワードHYDROLASE / ZYMOGEN / PRECURSOR / PENICILLIN / AUTOPROTEOLYSIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CATALYSIS / PENICILLIN V ACYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase activity / penicillin amidase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PNV / Penicillin V acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pathak, M.C. / Brannigan, J. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Studies on the catalysis and post translational processing of penicillin V acylase
著者: Pathak, M.C. / Brannigan, J. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Auto-proteolytic processing of Penicillin V Acylase is simpler than of other related Ntn hydrolases
著者: Pathak, M.C. / Brannigan, J. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-crystal structure of Penicillin V Acylase with substrate Penicillin V: Insight in to catalytic specificity
著者: Pathak, M.C. / Brannigan, J. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
#3: ジャーナル: To be Published
タイトル: Polymorphism shown by the crystals of Penicillin V Acyalse from Bacillus sphaericus
著者: Pathak, M.C. / Brannigan, J. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin acylase
C: Penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0994
ポリマ－74,3982
非ポリマー7012
水91951
1
A: Penicillin acylase
C: Penicillin acylase
ヘテロ分子

A: Penicillin acylase
C: Penicillin acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,1988
ポリマ－148,7964
非ポリマー1,4024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area21580 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area44970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.730, 158.890, 90.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Penicillin acylase / Penicillin V amidase / PVA


分子量: 37199.105 Da / 分子数: 2 / 変異: C1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sphaericus (バクテリア)
株: NCIM 2478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12256, penicillin amidase
#2: 化合物 ChemComp-PNV / (2S,5R,6R)-3,3-DIMETHYL-7-OXO-6-(2-PHENOXYACETAMIDO)-4-THIA-1- AZABICYCLO(3.2.0)HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / PENICILLIN V / ペニシリンV


分子量: 350.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N2O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器日付: 2003年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 78639 / Num. obs: 28157 / % possible obs: 89.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PVA

2pva


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 13.545 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.743 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 1320 5.1 %RANDOM
Rwork0.23881 ---
obs0.24045 24808 89.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å20 Å20 Å2
2---9.21 Å20 Å2
3---11.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 48 51 5260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0540.0225251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9791.9577139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5915659
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.22565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7171.53278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68225328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.01931973
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5474.51811
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.368 76
Rwork0.31 1362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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