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- PDB-2yim: The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yim
タイトルThe enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 A crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue
要素PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
キーワードISOMERASE / METHYL-COA RACEMASE / TRANSITION STATE / MOLECULAR DYNAMICS / QM/MM / OXYANION HOLE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...: / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-METHYLACETOACETYL COA / PHOSPHATE ION / Alpha-methylacyl-CoA racemase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Sharma, S. / Bhaumik, P. / Venkatesan, R. / Hiltunen, J.K. / Conzelmann, E. / Juffer, A.H. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2012
タイトル: The Enolization Chemistry of a Thioester-Dependent Racemase: The 1.4 A Crystal Structure of a Reaction Intermediate Complex Characterized by Detailed Qm/Mm Calculations.
著者: Sharma, S. / Bhaumik, P. / Schmitz, W. / Venkatesan, R. / Hiltunen, J.K. / Conzelmann, E. / Juffer, A.H. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Catalysis of the 1,1-Proton Transfer by Alpha-Methyl-Acyl-Coa Racemase is Coupled to a Movement of the Fatty Acyl Moiety Over a Hydrophobic, Methionine-Rich Surface.
著者: Bhaumik, P. / Schmitz, W. / Hassinen, A. / Hiltunen, J.K. / Conzelmann, E. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
B: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
C: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
D: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,00015
ポリマ－154,8914
非ポリマー4,10911
水32,7511818
1
A: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
B: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4547
ポリマ－77,4462
非ポリマー2,0085
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
C: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
D: PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5468
ポリマ－77,4462
非ポリマー2,1016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13450 Å2
ΔGint-84.9 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.590, 80.170, 118.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE ) / ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE


分子量: 38722.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2-METHYLACETOACETYL COA
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET3ALPHA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-MC4 / 2-METHYLACETOACETYL COA


分子量: 864.626 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H41N7O18P3S
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.52 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 7.0, 10 MM BACL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→21.3 Å / Num. obs: 322760 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GCE

2gce


解像度: 1.41→118.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 16290 5 %RANDOM
Rwork0.18615 ---
obs0.18707 306469 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.04 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→118.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10731 0 260 1818 12809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02212028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.98516523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.88151618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.84623.08539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.743151891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.01115120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3761.57432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.703211948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.96534596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5744.54484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1183 -
Rwork0.29 22157 -
obs--96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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