- PDB-2y76: Structure of Mycobacterium tuberculosis type II dehydroquinase co... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2y76
タイトル
Structure of Mycobacterium tuberculosis type II dehydroquinase complexed with (1R,4S,5R)-3-(benzo(b)thiophen-5-ylmethoxy)-2-(benzo(b) thiophen-5-ylmethyl)-1,4,5-trihydroxycyclohex-2-enecarboxylate
要素
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワード
LYASE / AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報
quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
INITIATOR METHIONINE (RESIDUE 1 IN UNIPROT SEQUENCE) IS REMOVED.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化
pH: 7.5 詳細: 33% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES-NAOH PH 7.5, 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 1 MM EDTA, 200 MM SODIUM CHLORIDE 12.5 MM SODIUM ...詳細: 33% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES-NAOH PH 7.5, 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 1 MM EDTA, 200 MM SODIUM CHLORIDE 12.5 MM SODIUM (1R,4S,5R)- -3-(1-BENZOTHIOPHEN-5-YLMETHOXY)-2-(1-BENZOTHIOPHEN-5- YLMETHYL)-1,4,5-TRIHYDROXY-CYCLOHEX-2-ENE-1-CARBOXYLATE.
タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月14日 詳細: FOCUSING MIRRORS ONE PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK- BAEZ GEOMETRY
放射
モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING MONOCHROMATOR SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.5→38 Å / Num. obs: 5918 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100
解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.495 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21129
508
8.6 %
RANDOM
Rwork
0.157
-
-
-
obs
0.16172
5397
100 %
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK