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- PDB-2y5s: Crystal structure of Burkholderia cenocepacia dihydropteroate syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y5s
タイトルCrystal structure of Burkholderia cenocepacia dihydropteroate synthase complexed with 7,8-dihydropteroate.
要素DIHYDROPTEROATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / FOLATE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7,8-DIHYDROPTEROATE / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Morgan, R.E. / Batot, G.O. / Dement, J.M. / Rao, V.A. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Burkholderia Cenocepacia Dihydropteroate Synthase in the Apo-Form and Complexed with the Product 7,8-Dihydropteroate.
著者: Morgan, R.E. / Batot, G.O. / Dement, J.M. / Rao, V.A. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
履歴
登録2011年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE
B: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,69822
ポリマ－62,0052
非ポリマー1,69320
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint11.3 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.662, 86.920, 88.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / DHPS


分子量: 31002.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
株: LMG 16656
解説: BELGIAN CO-ORDINATED COLLECTIONS OF MICRO-ORGANISMS, BACTERIA COLLECTION (BCCM/LMG)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4E5F5, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-78H / 7,8-DIHYDROPTEROATE / ジヒドロプテロイン酸


分子量: 314.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N6O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.8
詳細: RESERVOIR: 0.1 M TRIS/HCL PH 8, 10 % PEG 8000, 0.3 M MGCL2 PROTEIN SOLUTIONS: BCDHPS AT 7.5 MG/ML, 2 MM DIHYDROPTEROATE, 50 MM TRIS/HCL PH 7.5, 250 MM NACL.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29.6 Å / Num. obs: 41750 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AJ2

1aj2


解像度: 1.95→62.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.01 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21114 2027 5.1 %RANDOM
Rwork0.17564 ---
obs0.17742 37961 94.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---2.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 112 305 4559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2322.0056036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.0017436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0025588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56622.513187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48515674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6371555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.52856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.51143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05224575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69131580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7084.51448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 145 -
Rwork0.304 2381 -
obs--82.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2418-1.53510.35722.5512-0.52471.50910.23690.5624-0.0214-0.3792-0.2595-0.04180.1550.00930.02260.10410.0166-0.00290.0887-0.0070.074356.9477-6.9779-7.3704
22.1954-0.87530.09881.298-0.09150.2614-0.0023-0.1152-0.03760.0120.0031-0.1031-0.00340.0097-0.00080.0537-0.0045-0.01340.0564-0.00290.039353.3039-10.56612.0002
34.4368-1.49550.04342.58120.60882.58740.20670.5365-0.0159-0.3762-0.2230.1794-0.28210.0670.01640.13060.0179-0.04470.0706-0.01240.076516.8235.1533-8.0197
42.5187-0.75110.11441.65220.07810.3375-0.0153-0.12660.0681-0.00810.00530.1521-0.0451-0.00230.010.05590.0042-0.00940.048-0.00130.027720.554310.23731.56
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4B86 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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