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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y5n | ||||||
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タイトル | Structure of the mixed-function P450 MycG in complex with mycinamicin V in P21 space group | ||||||
![]() | P-450-LIKE PROTEIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MYCINAMICIN BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, S. / Kells, P.M. / Sherman, D.H. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate Recognition by the Multifunctional Cytochrome P450 Mycg in Mycinamicin Hydroxylation and Epoxidation Reactions. 著者: Li, S. / Tietz, D.R. / Rutaganira, F.U. / Kells, P.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Pochapsky, T.C. / Sherman, D.H. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 390.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 319.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: MYV / End label comp-ID: MYV / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 460 / Label seq-ID: 25
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.8324, -0.008577, -0.5541), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46556.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1155分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MYV.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MYV.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): HEME-THIOLATE BOND TO CYS 346 MYCINAMICIN V (MV): NATIVE ...PROTOPORPH |
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配列の詳細 | THE 6XHIS TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 296 K / pH: 7 詳細: 7% PEG 4000, 0.025 M MG ACETATE, 23 DEGREES C, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→93.5 Å / Num. obs: 79430 / % possible obs: 70.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 11.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Y4H ![]() 2y4h 解像度: 1.62→75.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.495 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.569 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→75.91 Å
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拘束条件 |
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