登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y2b |
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タイトル | crystal structure of AmpD in complex with reaction products |
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要素 | 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD |
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キーワード | HYDROLASE / PEPTIDOGLYCAN AMIDASE / AMIDASE_2 FAMILY / ACTIVATION MECHANISM |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 Chem-AH0 / L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-DIAMINOPIMELIC ACID / 1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmpD類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å |
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データ登録者 | Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Silva-Martin, N. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Crystal Structures of Bacterial Peptidoglycan Amidase Ampd and an Unprecedented Activation Mechanism. 著者: Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Ferrer, P. / Silva-Martin, N. / Castro, G.R. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. |
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履歴 | 登録 | 2010年12月14日 | 登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE |
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改定 1.0 | 2011年7月20日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年9月14日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2022年11月2日 | Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id |
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改定 1.3 | 2024年1月31日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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