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万見
- PDB-2xht: Structure of HSP90 with small molecule inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xht
タイトルStructure of HSP90 with small molecule inhibitor bound
要素HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90-ALPHA
キーワードCHAPERONE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / mitochondrial transport / dATP binding ...sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / mitochondrial transport / dATP binding / telomerase holoenzyme complex assembly / chaperone-mediated autophagy / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Uptake and function of diphtheria toxin / positive regulation of cell size / dendritic growth cone / protein import into mitochondrial matrix / TPR domain binding / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / response to salt stress / protein folding chaperone complex / HSF1-dependent transactivation / cardiac muscle cell apoptotic process / response to unfolded protein / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / HSF1 activation / enzyme-substrate adaptor activity / chaperone-mediated protein complex assembly / neurofibrillary tangle assembly / axonal growth cone / telomere maintenance via telomerase / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / Dengue virus activates/modulates innate and adaptive immune responses / nitric oxide metabolic process / response to cold / protein unfolding / positive regulation of defense response to virus by host / skeletal muscle contraction / Signaling by ERBB2 / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / endocytic vesicle lumen / DNA polymerase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / positive regulation of cardiac muscle contraction / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / lysosomal lumen / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / ESR-mediated signaling / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein tyrosine kinase binding / AURKA Activation by TPX2 / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / nitric-oxide synthase regulator activity / ATP-dependent protein folding chaperone / VEGFR2 mediated vascular permeability / brush border membrane / response to cocaine / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / myelin sheath / neuron migration / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / protein refolding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to estrogen / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Regulation of necroptotic cell death / tau protein binding / histone deacetylase binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Downregulation of ERBB2 signaling / Chaperone Mediated Autophagy
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C0Y / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Murray, C.W. / Carr, M.G. / Callaghan, O. / Chessari, G. / Congreve, M. / Cowan, S. / Coyle, J.E. / Downham, R. / Figueroa, E. / Frederickson, M. ...Murray, C.W. / Carr, M.G. / Callaghan, O. / Chessari, G. / Congreve, M. / Cowan, S. / Coyle, J.E. / Downham, R. / Figueroa, E. / Frederickson, M. / Graham, B. / McMenamin, R. / OBrien, M.A. / Patel, S. / Phillips, T.R. / Williams, G. / Woodhead, A.J. / Woolford, A.J.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery Applied to Hsp90. Discovery of Two Lead Series with High Ligand Efficiency.
著者: Murray, C.W. / Carr, M.G. / Callaghan, O. / Chessari, G. / Congreve, M. / Cowan, S. / Coyle, J.E. / Downham, R. / Figueroa, E. / Frederickson, M. / Graham, B. / Mcmenamin, R. / O'Brien, M.A. ...著者: Murray, C.W. / Carr, M.G. / Callaghan, O. / Chessari, G. / Congreve, M. / Cowan, S. / Coyle, J.E. / Downham, R. / Figueroa, E. / Frederickson, M. / Graham, B. / Mcmenamin, R. / O'Brien, M.A. / Patel, S. / Phillips, T.R. / Williams, G. / Woodhead, A.J. / Woolford, A.J.A.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2232
ポリマ－27,9591
非ポリマー2631
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.505, 41.871, 54.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90-ALPHA / HSP90 / HEAT SHOCK 86 KDA / HSP 86 / HSP86 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-38


分子量: 27959.336 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 9-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物 ChemComp-C0Y / (3-TERT-BUTYL-4-HYDROXYPHENYL)MORPHOLIN-4-YL-METHANONE


分子量: 263.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.92 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54178
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.57 Å / Num. obs: 9778 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 41.642 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER-TNT / バージョン: 2.5.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.27→31.74 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2969 455 4.96 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2286 9182 90.46 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59411487 Å20 Å21.72622925 Å2
2---7.1319407 Å20 Å2
3---6.53782583 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→31.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 19 123 1813
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.41 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4412 48 4.03 %
Rwork0.2367 1144 -
all0.2434 1192 -
obs--90.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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