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- PDB-2xgi: Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 3,4- epox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xgi
タイトルCrystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 3,4- epoxybutyl alpha-D-glucopyranoside
要素BETA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 14 / STARCH DEGRADATION / GERMINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / amylopectin maltohydrolase activity / polysaccharide catabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 14B, plant / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside / (3R)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside / Beta-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種HORDEUM VULGARE (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Rejzek, M. / Stevenson, C.E.M. / Southard, A.M. / Stanley, D. / Denyer, K. / Smith, A.M. / Naldrett, M.J. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2011
タイトル: Chemical genetics and cereal starch metabolism: structural basis of the non-covalent and covalent inhibition of barley beta-amylase.
著者: Rejzek, M. / Stevenson, C.E. / Southard, A.M. / Stanley, D. / Denyer, K. / Smith, A.M. / Naldrett, M.J. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Other
改定 2.02019年2月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_biol / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9- ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2995
ポリマ－59,6701
非ポリマー6294
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.631, 71.158, 92.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-AMYLASE / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE


分子量: 59670.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN PURCHASED FROM MEGAZYME / 由来: (天然) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / 組織: GRAIN ENDOSPERM / 参照: UniProt: P16098, beta-amylase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖 ChemComp-J5B / (3R)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(3~{R})-3-oxidanylbutoxy]oxane-3,4,5-triol / reacted 3,4-EPOXYBUTYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / (3R)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucoside / (3R)-3-hydroxybutyl D-glucoside / (3R)-3-hydroxybutyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 252.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H20O7
#4: 糖 ChemComp-EBQ / (3S)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucopyranoside / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(3~{S})-3-oxidanylbutoxy]oxane-3,4,5-triol / reacted 3R,4-EPOXYBUTYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / (3S)-3-hydroxybutyl alpha-D-glucoside / (3S)-3-hydroxybutyl D-glucoside / (3S)-3-hydroxybutyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 252.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H20O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細3,4-EPOXYBUTYL ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE: THE LIGAND WAS A MIXTURE OF TWO DIASTEREOISOMERS EPIMERIC ...3,4-EPOXYBUTYL ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE: THE LIGAND WAS A MIXTURE OF TWO DIASTEREOISOMERS EPIMERIC AT THE 3 POSITION. I.E. 3R,S-3,4-EPOXYBUTYL ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE. THIS WAS SOAKED INTO CRYSTALS AT 10 MM FOR 24 HOURS. BOTH OF THE DIASTEREOISOMERS REACT WITH THE PROTEIN GIVING COVALENT LINKS TO ATOM OE2 OF GLU 184. THE RESULTANT COMPLEX IS THEREFORE A MIXTURE OF TWO DIASTEREOISOMERS. 2S-2-HYDROXY-4-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYLOXY BUTOXY-GAMMA-CARBONYL-GLU184 (EBG-GLU184) HAS BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.6 AND 2R-2-HYDROXY-4-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYLOXY BUTOXY-GAMMA-CARBONYL-GLU184 (EBQ-GLU184)HAS BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.4. 1,2-ETHANEDIOL: PRESENT AT 20 PERCENT IN THE CRYOPROTECTANT
配列の詳細PROTEIN ISOLATED FROM NATURAL SOURCE BUT SEQUENCE DIFFERS FROM UNIPROTKB DATABASE ENTRY P16098 AT ...PROTEIN ISOLATED FROM NATURAL SOURCE BUT SEQUENCE DIFFERS FROM UNIPROTKB DATABASE ENTRY P16098 AT THREE POSITIONS. THESE CHANGES WERE IDENTIFIED FROM ELECTRON DENSITY MAPS AND ARE ATTRIBUTED TO NATURAL VARIATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 291 K USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH PROTEIN AT 10 MG PER ML AND A PRECIPITANT COMPRISED OF 14 PERCENT PEG 3350 IN 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.117
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→26.13 Å / Num. obs: 109532 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 6.48 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.21
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0091精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B1Y

1b1y


解像度: 1.3→24.701 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.316 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1578 5424 5.03 %RANDOM
Rwork0.1279 ---
obs0.129 109295 98.075 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.304 Å20 Å20 Å2
2---0.038 Å20 Å2
3----0.267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 42 721 4651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9555857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96924.018219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94815702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.161529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.461.5991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.631.5415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12721610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1413629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3054.5599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.80837243
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.9943741
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.99637100
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 290 -
Rwork0.31 6308 -
obs--81.306 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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