[日本語] English
- PDB-2xe5: Molecular insights into clinically isolated OmpC mutants and thei... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xe5
タイトルMolecular insights into clinically isolated OmpC mutants and their role in multi-drug resistance (OmpC26)
要素OUTER MEMBRANE PORIN C
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(DIMETHYLAMINO)ETHANESULFONIC ACID / DECANE / DODECANE / HEXANE / HEPTANE / N-OCTANE / N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE / Porin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Bamford, V.A. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / : 2011
タイトル: Altered Antibiotic Transport in Ompc Mutants Isolated from a Series of Clinical Strains of Multi-Drug Resistant E. Coli.
著者: Lou, H. / Chen, M. / Black, S.S. / Bushell, S.R. / Ceccarelli, M. / Mach, T. / Beis, K. / Low, A.S. / Bamford, V.A. / Booth, I.R. / Bayley, H. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PORIN C
B: OUTER MEMBRANE PORIN C
C: OUTER MEMBRANE PORIN C
D: OUTER MEMBRANE PORIN C
E: OUTER MEMBRANE PORIN C
F: OUTER MEMBRANE PORIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,01953
ポリマ-229,7776
非ポリマー6,24247
7,062392
1
D: OUTER MEMBRANE PORIN C
E: OUTER MEMBRANE PORIN C
F: OUTER MEMBRANE PORIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,20120
ポリマ-114,8893
非ポリマー2,31217
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14380 Å2
ΔGint-62.8 kcal/mol
Surface area42290 Å2
手法PISA
2
A: OUTER MEMBRANE PORIN C
B: OUTER MEMBRANE PORIN C
C: OUTER MEMBRANE PORIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,81933
ポリマ-114,8893
非ポリマー3,93030
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-30.4 kcal/mol
Surface area43270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.180, 93.680, 115.910
Angle α, β, γ (deg.)98.74, 108.79, 109.71
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
OUTER MEMBRANE PORIN C / OUTER MEMBRANE PROTEIN C / OMPC


分子量: 38296.230 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / : O6 / 解説: OMPC26 ISOLATED FROM CLINICAL MUTANTS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K597

-
非ポリマー , 10種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14
#4: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C12H26
#5: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22
#8: 化合物 ChemComp-ASZ / 2-(DIMETHYLAMINO)ETHANESULFONIC ACID / 2-(ジメチルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 153.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H11NO3S
#9: 化合物 ChemComp-OES / N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE


分子量: 206.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O2S
#10: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C7H16
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

配列の詳細THIS IS FROM A CLINICAL SEQUENCE DESCRIBED IN PUBMED ID: 11722730. A.S.LOW,F.M.MACKENZIE,I.M.GOULD, ...THIS IS FROM A CLINICAL SEQUENCE DESCRIBED IN PUBMED ID: 11722730. A.S.LOW,F.M.MACKENZIE,I.M.GOULD, I.R.BOOTH. PROTECTED ENVIRONMENTS ALLOW PARALLEL EVOLUTION OF A BACTERIAL PATHOGEN IN A PATIENT SUBJECTED TO LONG-TERM ANTIBIOTIC THERAPY. MOL.MICROBIOL. 42,619

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
解説: DATA WERE TRUNCATED USING WEBSERVER STRONG ET AL., 2006, PROC NATL ACAD SCI U S A, 103, 8060-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→79 Å / Num. obs: 118130 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0060精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XE1
解像度: 2.28→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 15.665 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS USED REFMAC V5.6 WHICH HAS LOCAL NCS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26707 4815 5 %RANDOM
Rwork0.22605 ---
obs0.22804 95882 79.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.13 Å2-0.21 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16260 0 420 392 17072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02116999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.93922856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.944327564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20352052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29925960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.479152520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4461578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 50 -
Rwork0.238 789 -
obs--9.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6402-1.287-1.79834.18555.03756.1247-0.16160.61440.3197-0.11820.00460.202-0.0518-0.16450.1570.3397-0.1126-0.08680.57360.27220.1456-10.683.757-9.487
22.73670.0006-0.79740.77450.2320.5749-0.10280.6557-0.03380.0541-0.03410.05880.1305-0.2150.13690.2219-0.104-0.03090.49170.09120.0943-19.082-5.904-6.592
32.60270.37110.04092.1327-0.00051.7951-0.06280.26990.03590.05560.01460.22320.231-0.32690.04820.0777-0.04370.02260.35570.04920.0724-27.583-4.4631.798
41.95430.7984-0.00572.2735-0.57081.94860.02180.31760.54640.3206-0.00690.3229-0.4034-0.1961-0.01490.1780.0553-0.04590.34850.13810.2475-25.68110.3266.481
56.8681-1.36752.82851.933-1.29912.6173-0.19370.84450.40540.01480.1269-0.0737-0.2640.09260.06680.2941-0.09980.0040.36640.13860.10246.9779.84-8.051
63.2791-0.31440.24621.60080.47050.6757-0.1590.35190.94820.03550.1235-0.0448-0.21930.04560.03550.2913-0.0504-0.03810.25810.14590.35293.4120.522-1.298
75.8419-0.51820.031.845-0.67192.2645-0.2092-0.08091.45610.20360.1912-0.1235-0.1987-0.07270.0180.4079-0.0823-0.11380.0886-0.10340.63049.9724.7197.961
83.69320.3877-0.183.2761.52786.3938-0.1215-0.29620.67620.24520.0101-0.3134-0.34480.50360.11140.1572-0.0255-0.07530.12010.01120.358922.18615.1718.348
93.80312.9282-2.06493.8667-1.692.0975-0.21030.6845-0.2707-0.3071-0.082-0.13770.0410.07340.29220.2861-0.0651-0.01630.538-0.00040.10283.634-8.233-11.524
101.86090.33130.4472.12470.06891.4074-0.30030.5566-0.2833-0.12310.1384-0.25930.10020.19550.16190.2052-0.07740.02620.3358-0.04130.172315.544-11.942-7.164
112.3510.2264-0.00261.7148-0.2511.9822-0.18780.2508-0.55560.07720.0022-0.15420.20930.13770.18560.2219-0.02250.07140.3048-0.05360.271917.099-21.966-0.734
122.6699-0.39080.66041.7591-0.25772.4775-0.09650.2379-0.7210.04610.03790.06540.49570.18450.05850.3276-0.12380.11020.1955-0.16260.35442.831-28.239-0.228
133.9971-2.28981.96553.6393-2.00281.814-0.1027-0.85890.15040.29760.0021-0.0171-0.0474-0.1450.10060.27530.07350.01380.493-0.06820.0701-33.589-13.89960.097
142.1769-0.3011-0.62891.9929-0.02581.4667-0.1627-0.55660.28270.14590.0711-0.3135-0.08570.17490.09150.18970.0648-0.03710.3075-0.01990.1158-21.685-10.19955.769
152.7161-0.1415-0.05161.69180.39392.0511-0.1756-0.26180.5806-0.01820.0241-0.1256-0.18120.19570.15150.2441-0.0027-0.08210.2271-0.06360.2459-20.153-0.20849.3
163.60560.6642-1.06722.1715-1.17693.0718-0.0769-0.26740.8482-0.13840.1230.2156-0.27860.0661-0.0460.32140.0759-0.10930.1708-0.1920.3827-34.4026.02948.728
172.30031.51011.88533.77764.47525.5908-0.1735-0.5698-0.2550.0135-0.02930.2069-0.128-0.24850.20280.29910.00980.01390.54040.20620.1089-47.917-25.87558.118
183.0538-0.09150.8360.95080.16810.3121-0.183-0.64350.08520.01860.07340.0835-0.035-0.18630.10950.23340.07250.00320.50480.06040.1264-56.311-16.29955.154
192.52070.0343-0.00991.6724-0.04761.3418-0.1512-0.2620.1079-0.04110.12740.1889-0.1-0.18730.02380.14650.0797-0.01570.37520.0780.0551-64.76-17.78346.738
201.8537-0.3820.43761.841-0.79792.0701-0.0662-0.2206-0.3697-0.16540.05560.18680.05-0.24450.01060.2006-0.05970.04070.3330.13030.2027-62.806-32.5742.108
214.98161.2057-1.92582.0008-1.43532.3756-0.147-0.4559-0.40150.04750.1861-0.1380.2538-0.2726-0.03910.2760.0268-0.02610.39650.14350.1098-30.176-31.98656.728
222.30160.622-0.40931.53910.45831.1026-0.2743-0.1895-0.7111-0.10030.13-0.13420.3070.05540.14430.29170.01210.04940.22090.10490.2994-33.702-42.71150.056
234.23840.323-0.10042.2317-0.13211.7005-0.15850.1475-0.939-0.25410.0208-0.20570.31980.04080.13770.36810.02860.17170.0196-0.06840.4774-27.128-46.99840.824
243.95340.7513-0.2862.81821.16764.3902-0.38580.1446-0.7011-0.3580.1594-0.39530.18520.63730.22640.30140.05170.09650.11020.02460.421-14.931-37.44440.337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4A276 - 343
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6B51 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7B151 - 275
8X-RAY DIFFRACTION8B276 - 343
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 50
10X-RAY DIFFRACTION10C51 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11C151 - 275
12X-RAY DIFFRACTION12C276 - 343
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 50
14X-RAY DIFFRACTION14D51 - 150
15X-RAY DIFFRACTION15D151 - 275
16X-RAY DIFFRACTION16D276 - 343
17X-RAY DIFFRACTION17E1 - 50
18X-RAY DIFFRACTION18E51 - 150
19X-RAY DIFFRACTION19E151 - 275
20X-RAY DIFFRACTION20E276 - 343
21X-RAY DIFFRACTION21F1 - 50
22X-RAY DIFFRACTION22F51 - 150
23X-RAY DIFFRACTION23F151 - 275
24X-RAY DIFFRACTION24F276 - 343

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る