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- PDB-2xcn: Crystal structure of HCV NS3 protease with a boronate inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xcn
タイトルCrystal structure of HCV NS3 protease with a boronate inhibitor
要素
  • NS3 PROTEASE
  • NS4A
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


self proteolysis / transformation of host cell by virus / host cell membrane / viral process / serine-type peptidase activity / virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C8D / Polyprotein / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Li, X. / Zhang, Y.-K. / Liu, Y. / Ding, C.Z. / Li, Q. / Zhou, Y. / Plattner, J.J. / Baker, S.J. / Qian, X. / Fan, D. ...Li, X. / Zhang, Y.-K. / Liu, Y. / Ding, C.Z. / Li, Q. / Zhou, Y. / Plattner, J.J. / Baker, S.J. / Qian, X. / Fan, D. / Liao, L. / Ni, Z.-J. / White, G.V. / Mordaunt, J.E. / Lazarides, L.X. / Slater, M.J. / Jarvest, R.L. / Thommes, P. / Ellis, M. / Edge, C.M. / Hubbard, J.A. / Nassau, P. / McDowell, B. / Skarzynski, T.J. / Rowland, P. / Somers, D.O. / Kazmierski, W.M. / Grimes, R.M. / Wright, L.L. / Smith, G.K. / Zou, W. / Wright, J. / Pennicott, L.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Synthesis and Evaluation of Novel Alpha-Amino Cyclic Boronates as Inhibitors of Hcv Ns3 Protease.
著者: Li, X. / Zhang, Y.-K. / Liu, Y. / Ding, C.Z. / Li, Q. / Zhou, Y. / Plattner, J.J. / Baker, S.J. / Qian, X. / Fan, D. / Liao, L. / Ni, Z.-J. / White, G.V. / Mordaunt, J.E. / Lazarides, L.X. / ...著者: Li, X. / Zhang, Y.-K. / Liu, Y. / Ding, C.Z. / Li, Q. / Zhou, Y. / Plattner, J.J. / Baker, S.J. / Qian, X. / Fan, D. / Liao, L. / Ni, Z.-J. / White, G.V. / Mordaunt, J.E. / Lazarides, L.X. / Slater, M.J. / Jarvest, R.L. / Edge, C.M. / Hubbard, J.A. / Nassau, P. / Mcdowell, B. / Skarzynski, T.J. / Thommes, P. / Ellis, M. / Rowland, P. / Somers, D.O. / Kazmierski, W.M. / Grimes, R.M. / Wright, L.L. / Smith, G.K. / Zou, W. / Wright, J. / Pennicott, L.E.
履歴
登録2010年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB", "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB", "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 PROTEASE
B: NS3 PROTEASE
C: NS4A
D: NS4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,16410
ポリマ－46,8184
非ポリマー1,3466
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-137.2 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.370, 231.370, 75.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 NS3 PROTEASE


分子量: 21014.949 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 1-180 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TETRAHEDRAL BORATE DERIVATIVE LINKED TO OXYGEN OF S139.
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 株: H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91RS4
#2: タンパク質・ペプチド NS4A / NON-STRUCTURAL PROTEIN 4A/B


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-39 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: K19, K20, K40 AND K41 ADDED TO FRAGMENT / 由来: (合成) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: C9WU77

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非ポリマー , 4種, 60分子

#3: 化合物 ChemComp-C8D / N-[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]-3-METHYL-L-VALYL-(4R)-N-{(1R)-3-HYDROXY-1-[HYDROXY(OXIDO)BORANYL]PROPYL}-4-(ISOQUINOLIN-1-YLOXY)-L-PROLINAMIDE


分子量: 583.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40BN4O8
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→70.71 Å / Num. obs: 15159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 71.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.02→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.02→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 14.115 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23879 763 5 %RANDOM
Rwork0.18412 ---
obs0.18674 14395 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.99 Å21.49 Å20 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2728 0 88 54 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4812.0083918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.82621.7293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.15215441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9761526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1521836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27842969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36641045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.056949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.021→3.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 43 -
Rwork0.299 977 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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