[日本語] English
万見
- PDB-2rew: Crystal Structure of PPARalpha ligand binding domain with BMS-631707 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rew
タイトルCrystal Structure of PPARalpha ligand binding domain with BMS-631707
要素Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / alpha helical / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / lipoprotein metabolic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / : / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / : / negative regulation of blood pressure / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / nitric oxide metabolic process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MDM2/MDM4 family protein binding / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to starvation / gluconeogenesis / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / wound healing / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / response to insulin / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-REW / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Muckelbauer, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Discovery of Azetidinone Acids as Conformationally-Constrained Dual (alpha/gamma) PPAR Activators
著者: Wang, W. / Devasthale, P. / Farrelly, D. / Gu, L. / Peters, A. / Harrity, T. / Cap, M. / Chu, C. / Kunselman, L. / Morgan, N. / Ponticiello, R. / Zebo, R. / Zhang, L. / Locke, K. / Lippy, J. ...著者: Wang, W. / Devasthale, P. / Farrelly, D. / Gu, L. / Peters, A. / Harrity, T. / Cap, M. / Chu, C. / Kunselman, L. / Morgan, N. / Ponticiello, R. / Zebo, R. / Zhang, L. / Locke, K. / Lippy, J. / O'Malley, K. / Hosagrahara, V. / Zhang, L. / Kadiyala, P. / Chang, C.Y. / Muckelbauer, J. / Zahler, R. / Hariharan, N. / Ryono, D. / Cheng, P.T.W.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6913
ポリマ－31,3161
非ポリマー1,3752
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.264, 78.264, 98.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha


分子量: 31316.445 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 196-468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / プラスミド: PET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q07869
#2: 化合物 ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-REW / (2S,3S)-1-(4-METHOXYPHENYL)-3-(3-(2-(5-METHYL-2-PHENYLOXAZOL-4-YL)ETHOXY)BENZYL)-4-OXOAZETIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / 4-[2-(3-{[(2S,3S)-2-carboxy-1-(4-methoxyphenyl)-4-oxoazetidin-3-yl]methyl}phenoxy)ethyl]-5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-3 -ium


分子量: 512.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月24日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / 数: 160376 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28240 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.06509710.0411.3785.7
4.025.0610010.0481.5365.7
3.514.0210010.0641.4885.7
3.193.5110010.0961.3795.7
2.963.1910010.1391.1075.7
2.792.9610010.1940.9835.7
2.652.7910010.2560.8755.7
2.532.6510010.3450.8635.7
2.432.5310010.4350.8585.6
2.352.4310010.5330.755.6
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 28240 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.123 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. unique all: 2839 / Χ2: 0.75 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å30.66 Å
Translation3 Å30.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Previously determined in house PPARalpha LBD structure

解像度: 2.35→30.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.541 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 759 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 15043 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.714 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 63 98 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7192.0122851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3385252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82524.59887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.92615376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.692159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21481
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.13321313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8462.52045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0053890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1484.5804
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.405 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 51 -
Rwork0.225 1005 -
all-1056 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る