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- PDB-2rdn: Crystal Structure of PtlH with AKG and ent-1PL bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdn
タイトルCrystal Structure of PtlH with AKG and ent-1PL bound
要素1-deoxypentalenic acid 11-beta hydroxylase; Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / double stranded barrel helix / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxypentalenic acid 11beta-hydroxylase / lactone biosynthetic process / phytanoyl-CoA dioxygenase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PL / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / 1-deoxypentalenic acid 11-beta-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者You, Z. / Omura, S. / Ikeda, H. / Cane, D.E. / Jogl, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Non-heme Iron Dioxygenase PtlH in Pentalenolactone Biosynthesis.
著者: You, Z. / Omura, S. / Ikeda, H. / Cane, D.E. / Jogl, G.
履歴
登録2007年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxypentalenic acid 11-beta hydroxylase; Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0736
ポリマ－32,5891
非ポリマー4855
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.499, 70.106, 48.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 1-deoxypentalenic acid 11-beta hydroxylase; Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent hydroxylase


分子量: 32588.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
遺伝子: ptlH / プラスミド: pET28e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q82IZ1

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非ポリマー , 5種, 535分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-1PL / (1S,3aS,5aR,8aS)-1,7,7-trimethyl-1,2,3,3a,5a,6,7,8-octahydrocyclopenta[c]pentalene-4-carboxylic acid


分子量: 234.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 282 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 200mM MgCl2, 20% PEG 3350, pH 8.5, sitting drop, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 63775 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.35-1.43.10.446126321.058199.5
1.4-1.453.10.346126141.059199.7
1.45-1.523.10.256126231.067199.8
1.52-1.63.10.185126541.092199.9
1.6-1.73.10.138126531.1151100
1.7-1.833.20.093127001.0991100
1.83-2.023.20.061126751.0821100
2.02-2.313.20.043126791.03199.9
2.31-2.913.20.034125601.015199.3
2.91-303.30.024122981.015197.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se11.8550.130.5020.0560.598
2Se13.4370.2420.3750.2320.669
3Se12.4790.7120.9860.160.589
4Se15.0380.3960.430.4150.67
5Se14.6440.2830.4590.320.639
6Se14.7760.4280.1640.0660.494
7Se26.7790.2240.5030.3430.615
8Se12.5150.7450.450.010.437
9Se45.2440.3070.5550.3740.815
Phasing dmFOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.64 / 反射: 61937 / Reflection acentric: 60386 / Reflection centric: 1551
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
3.9-28.4460.970.970.926962499197
2.4-3.90.930.940.884348118316
1.9-2.40.860.870.741066810371297
1.7-1.90.740.740.561066210427235
1.4-1.70.560.560.471849818169329
1.4-1.40.390.390.331097910802177

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.12位相決定
RESOLVE2.12位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.484 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 3226 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 63775 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 30 530 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9563154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8285280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80323.13115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.5715366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4611518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6441.51419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04222258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6693993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3994.5896
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 245 -
Rwork0.216 4430 -
all-4675 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3223 Å / Origin y: 31.1788 Å / Origin z: 3.8516 Å
111213212223313233
T-0.0138 Å20.0031 Å20.0005 Å2--0.0112 Å2-0.0017 Å2---0.0089 Å2
L0.1655 °2-0.0672 °20.0148 °2-0.3236 °20.0933 °2--0.2514 °2
S0.0063 Å °0.0061 Å °-0.0208 Å °0.0147 Å °-0.0088 Å °0.0082 Å °-0.0171 Å °-0.0175 Å °0.0025 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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