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- PDB-2r9e: The structure of the binary complex of citryl dethia COA and citr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r9e
タイトルThe structure of the binary complex of citryl dethia COA and citrate synthase from the thermophilic archaeonthermoplasma acidophilum
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / CITRATE SYNTHASE / Citryl Dethia Cenzyme A / EC 2.3.3.1 / Allosteric enzyme / Tricarboxylic acid cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain ...: / 2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
s-citryldethia Coenzyme A / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lehmann, C. / Chen, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Snapshots of Intermediates in the Condensation Reaction Catalyzed by Citrate Synthase
著者: Lehmann, C. / Kurz, L.C. / Ellenberger, T.E.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
C: Citrate synthase
D: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,2128
ポリマ－172,5094
非ポリマー3,7024
水24,7351373
1
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1064
ポリマ－86,2552
非ポリマー1,8512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: Citrate synthase
D: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1064
ポリマ－86,2552
非ポリマー1,8512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.061, 73.498, 89.983
Angle α, β, γ (deg.)99.35, 98.19, 113.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Citrate synthase


分子量: 43127.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 参照: UniProt: P21553, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物
ChemComp-SDX / s-citryldethia Coenzyme A


分子量: 925.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H46N7O22P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17 % PEG 4000, 100MM HEPES, 200MM SODIUM ACETATE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 106109 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→33.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.673 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21485 5292 5 %RANDOM
Rwork0.15692 ---
obs0.15984 100554 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.176 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20.02 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11972 0 240 1373 13585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02212477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.98216908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62351522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.26123.875542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.298152147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8291576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.26512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.28751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.57558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.668212157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78234919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5784.54747
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 290 -
Rwork0.207 5702 -
obs--74.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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