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- PDB-2qlx: Crystal structure of rhamnose mutarotase RhaU of Rhizobium legumi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qlx
タイトルCrystal structure of rhamnose mutarotase RhaU of Rhizobium leguminosarum in complex with L-Rhamnose
要素L-rhamnose mutarotase
キーワードISOMERASE / RhaU / mutarotase / Rhizobium leguminosarum. L-rhamnose / Carbohydrate metabolism / Rhamnose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


L-rhamnose mutarotase / L-rhamnose mutarotase activity / rhamnose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-rhamnose mutarotase / Rhamnose/fucose mutarotase / L-rhamnose mutarotase / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / beta-L-rhamnopyranose / L-rhamnose mutarotase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Carpena, X. / Loewen, P.C.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: RhaU of Rhizobium leguminosarum is a rhamnose mutarotase.
著者: Richardson, J.S. / Carpena, X. / Switala, J. / Perez-Luque, R. / Donald, L.J. / Loewen, P.C. / Oresnik, I.J.
履歴
登録2007年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-rhamnose mutarotase
B: L-rhamnose mutarotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,78221
ポリマ－25,7152
非ポリマー1,06719
水3,675204
1
A: L-rhamnose mutarotase
B: L-rhamnose mutarotase
ヘテロ分子

A: L-rhamnose mutarotase
B: L-rhamnose mutarotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,56442
ポリマ－51,4294
非ポリマー2,13538
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area13580 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.652, 68.652, 100.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-373-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 103 / Label seq-ID: 3 - 105

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 L-rhamnose mutarotase / Rhamnose 1-epimerase / Type-3 mutarotase


分子量: 12857.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: rhaM, rhaU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7BSH1, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 糖 ChemComp-RM4 / beta-L-rhamnopyranose / beta-L-rhamnose / 6-deoxy-beta-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / β-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 20% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 23317 / Num. obs: 23317 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.051
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2169 / Χ2: 1 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QLW

2qlw


解像度: 2→28.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.428 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 942 5.1 %RANDOM
Rwork0.135 ---
all0.138 18417 --
obs0.138 18417 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 69 204 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.9662657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8633293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4525230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.06424.30193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3615361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.664159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5111.51383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3411.5445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8221853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0933914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3934.5796
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1386 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.465
LOOSE THERMAL1.5410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 64 -
Rwork0.133 1281 -
obs-1345 99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.801-0.0913-0.41791.10420.55721.194-0.01690.0175-0.08320.0979-0.1240.15890.0974-0.13750.1408-0.0404-0.01190.0123-0.0319-0.0255-0.00483.410116.640410.8476
20.8041-0.3672-0.12611.439-0.48670.9413-0.00560.10590.0691-0.025-0.0653-0.1101-0.01770.01460.071-0.04280.0024-0.013-0.04690.001-0.037614.503226.8217-5.2403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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