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- PDB-2qjr: dipepdyl peptidase IV in complex with inhibitor PZF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qjr
タイトルdipepdyl peptidase IV in complex with inhibitor PZF
要素Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
キーワードHYDROLASE / protein-inhibitor complex / Aminopeptidase / Glycoprotein / Membrane / Protease / Secreted / Serine protease / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / chemorepellent activity / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / chemorepellent activity / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / lamellipodium membrane / locomotory exploration behavior / aminopeptidase activity / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / T cell costimulation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / serine-type peptidase activity / T cell activation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / membrane fusion / response to hypoxia / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / lysosomal membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-gulopyranuronic acid / Chem-PZF / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shenping, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: (3R,4S)-4-(2,4,5-Trifluorophenyl)-pyrrolidin-3-ylamine inhibitors of dipeptidyl peptidase IV: synthesis, in vitro, in vivo, and X-ray crystallographic characterization.
著者: Wright, S.W. / Ammirati, M.J. / Andrews, K.M. / Brodeur, A.M. / Danley, D.E. / Doran, S.D. / Lillquist, J.S. / Liu, S. / McClure, L.D. / McPherson, R.K. / Olson, T.V. / Orena, S.J. / Parker, ...著者: Wright, S.W. / Ammirati, M.J. / Andrews, K.M. / Brodeur, A.M. / Danley, D.E. / Doran, S.D. / Lillquist, J.S. / Liu, S. / McClure, L.D. / McPherson, R.K. / Olson, T.V. / Orena, S.J. / Parker, J.C. / Rocke, B.N. / Soeller, W.C. / Soglia, C.B. / Treadway, J.L. / Vanvolkenburg, M.A. / Zhao, Z. / Cox, E.D.
履歴
登録2007年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年12月17日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_caveat.text / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.12024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
B: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,62213
ポリマ－173,2982
非ポリマー4,32411
水5,963331
1
A: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0777
ポリマ－86,6491
非ポリマー2,4286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5456
ポリマ－86,6491
非ポリマー1,8965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint52 kcal/mol
Surface area60290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.470, 68.796, 422.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 39 - 766 / Label seq-ID: 9 - 736

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 4 membrane form / Dipeptidyl peptidase IV membrane form


分子量: 86648.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P27487

-
糖 , 4種, 9分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 762.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3LGulpAa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1121A-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-LGU / alpha-L-gulopyranuronic acid / alpha-L-guluronic acid / L-guluronic acid / guluronic acid / ALPHA-L-GULURONATE


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
LGulpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-gulopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-GulpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GulASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 333分子

#5: 化合物 ChemComp-PZF / (3R,4S)-1-[6-(6-METHOXYPYRIDIN-3-YL)PYRIMIDIN-4-YL]-4-(2,4,5-TRIFLUOROPHENYL)PYRROLIDIN-3-AMINE


分子量: 401.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18F3N5O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 99926 / Num. obs: 85437 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 19.25
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 8748 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 15.021 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic+TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25299 4234 5 %RANDOM
Rwork0.19122 ---
obs0.19428 80198 85.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9 Å20 Å20 Å2
2--7.59 Å20 Å2
3----2.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.236 Å0.291 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a-0.181 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11914 0 287 331 12532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02112578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0210717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1471.94717138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.027324897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.50251454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8823.922612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.381151990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.881560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.62350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.610920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2040.56084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.110.57141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.5863
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1110.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.612
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.643
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4321.59116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2921.52942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.725211762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93936537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1744.55376
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
4300tight positional0.070.05
6912medium positional0.520.5
4300tight thermal0.260.5
6912medium thermal0.912
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 319 -
Rwork0.28 6018 -
obs-4233 88.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4342-0.035-0.17550.445-0.31241.39340.04150.26830.0957-0.0303-0.0094-0.0080.023-0.0087-0.0321-0.1517-0.00950.00490.1830.2067-0.062116.623715.983927.6147
21.07610.1057-0.3520.3495-0.2881.332-0.02520.20740.0150.07750.07810.03380.0751-0.0933-0.053-0.04890.01270.0497-0.34670.0324-0.08690.0559-3.204578.2353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 766
2X-RAY DIFFRACTION2B39 - 766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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