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万見
- PDB-2mlm: Solution structure of sortase A from S. aureus in complex with be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mlm
タイトルSolution structure of sortase A from S. aureus in complex with benzo[d]isothiazol-3-one based inhibitor
要素Sortase family protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性Sortase; Chain: A; / Sortase / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-2W7 / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Jaudzems, K. / Zhulenkovs, D. / Leonchiks, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery and structure-activity relationship studies of irreversible benzisothiazolinone-based inhibitors against Staphylococcus aureus sortase A transpeptidase.
著者: Zhulenkovs, D. / Rudevica, Z. / Jaudzems, K. / Turks, M. / Leonchiks, A.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_sample_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1702
ポリマ－16,8251
非ポリマー3441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sortase family protein


分子量: 16825.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: CA347_2602 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R9YTM5
#2: 化合物 ChemComp-2W7 / N-{2-oxo-2-[(3s,5s,7s)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-ylamino]ethyl}-2-sulfanylbenzamide


分子量: 344.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N2O2S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D CBCA(CO)NH
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1613D 1H-13C NOESY aromatic
1713D (F1)-15N,13C-filtered 1H-13C NOESY aliphatic
1812D (F1,F2)-13C,15N-filtered NOESY
1912D (F1,F2)-13C,15N-filtered TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sortase A-1, 2.4 mM N-(adamantan-1-yl)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-2-yl)-acetamide-2, 5.0 % [U-100% 2H] D2O-3, 2.4 % [U-100% 2H] DMSO-4, 20 mM [U- ...内容: 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sortase A-1, 2.4 mM N-(adamantan-1-yl)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-2-yl)-acetamide-2, 5.0 % [U-100% 2H] D2O-3, 2.4 % [U-100% 2H] DMSO-4, 20 mM [U-100% 2H] sodium acetate-5, 50 mM sodium chloride-6, 10 mM calcium chloride-7, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.6 mMsortase A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.4 mMN-(adamantan-1-yl)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-2-yl)-acetamide-21
5.0 %D2O-3[U-100% 2H]1
2.4 %DMSO-4[U-100% 2H]1
20 mMsodium acetate-5[U-100% 2H]1
50 mMsodium chloride-61
10 mMcalcium chloride-71
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
VnmrJ2.1bVariancollection
CARA1.9.0R. Kellerchemical shift assignment
UNIO2.0.2T. Herrmann, F. Fiorito, J. Volk構造決定
UNIO2.0.2T. Herrmann, F. Fiorito, J. Volkpeak picking
UNIO2.0.2T. Herrmann, F. Fiorito, J. Volkデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1670 / NOE intraresidue total count: 570 / NOE long range total count: 482 / NOE medium range total count: 156 / NOE sequential total count: 462
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0156 Å / Distance rms dev error: 0.0013 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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