[日本語] English
万見
- PDB-2ly0: Solution NMR structure of the influenza A virus S31N mutant (19-4... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ly0
タイトルSolution NMR structure of the influenza A virus S31N mutant (19-49) in presence of drug M2WJ332
要素Membrane ion channel M2
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza A virus / M2 channel / S31N inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / suppression by virus of host autophagy / : / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A2Y / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, Y. / Wang, J. / DeGrado, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure and inhibition of the drug-resistant S31N mutant of the M2 ion channel of influenza A virus.
著者: Wang, J. / Wu, Y. / Ma, C. / Fiorin, G. / Wang, J. / Pinto, L.H. / Lamb, R.A. / Klein, M.L. / Degrado, W.F.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane ion channel M2
B: Membrane ion channel M2
C: Membrane ion channel M2
D: Membrane ion channel M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3045
ポリマ－13,9884
非ポリマー3151
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Membrane ion channel M2


分子量: 3497.116 Da / 分子数: 4 / 変異: C19S / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q6XT21
#2: 化合物 ChemComp-A2Y / (3S,5S,7S)-N-{[5-(thiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]methyl}tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-aminium


分子量: 315.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N2OS
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS IS A DRUG-RESISTANT MUTANT.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1333D HNCA
1433D HN(CA)CB
1533D 1H-15N NOESY
1623D 1H-13C NOESY
1753D 1H-13C NOESY
1863D 1H-13C NOESY
1942D 1H-13C HSQC
11023D CCH TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM mM [U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
42 mM mM [U-10% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
52mM mM mixature of 50% 13C15N and 50% 12C14N protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
62mM mM 13C15N of V27A30N31I33G34 protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
2 mMentity_1-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMentity_1-3[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
2 mMentity_1-4[U-10% 13C; U-100% 15N]4
2 mMentity_1-5mixature of 50% 13C15N and 50% 12C14N5
2 mMentity_1-613C15N of V27A30N31I33G346
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る