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万見
- PDB-2kdd: Solution structure of the conserved C-terminal dimerization domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdd
タイトルSolution structure of the conserved C-terminal dimerization domain of Borealin
要素Borealin
キーワードCELL CYCLE / protein dimer / Cell division / Centromere / Chromosomal protein / Cytoplasm / Mitosis / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / chromosome passenger complex / mitotic metaphase chromosome alignment / intercellular bridge / mitotic sister chromatid segregation ...positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / chromosome passenger complex / mitotic metaphase chromosome alignment / intercellular bridge / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / mitotic spindle assembly / chromosome organization / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / midbody / nucleolus / protein-containing complex / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #560 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lingel, A. / Bourhis, E. / Cochran, A.G. / Fairbrother, W.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Phosphorylation of a borealin dimerization domain is required for proper chromosome segregation.
著者: Bourhis, E. / Lingel, A. / Phung, Q. / Fairbrother, W.J. / Cochran, A.G.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Borealin
B: Borealin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1642
ポリマ－16,1642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Borealin / Dasra-B / hDasra-B / Cell division cycle-associated protein 8 / Pluripotent embryonic stem cell- ...Dasra-B / hDasra-B / Cell division cycle-associated protein 8 / Pluripotent embryonic stem cell-related gene 3 protein


分子量: 8082.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種: sapiens / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53HL2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-15N NOESY
1243D 1H-13C NOESY
1323D HNHA
1412D 1H-1H NOESY
1522D 1H-15N HSQC
1653D 1H-13C NOESY
1733D HNCA
1833D HN(CA)CB
1933D CBCA(CO)NH
11033D C(CO)NH
11133D H(CCO)NH
11243D 1H-15N TOCSY
11322D 1H-15N HSQC
11432D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM Borealin, 40 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
20.8 mM [U-100% 15N] Borealin, 40 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Borealin, 40 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Borealin, 40 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
50.8 mM 50% [U-100% 13C; U-100% 15N], 50% natural abundance Borealin, 40 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMBorealin1
40 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
0.8 mMBorealin[U-100% 15N]2
40 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
0.7 mMBorealin[U-100% 13C; U-100% 15N]3
40 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
0.7 mMBorealin[U-100% 13C; U-100% 15N]4
40 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
0.8 mMBorealin50% [U-100% 13C; U-100% 15N], 50% natural abundance5
40 mMsodium phosphate5
100 mMsodium chloride5
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 299 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBrukercollection
CCPNCCPNデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich表示
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Distance restraints were derived from 15N- or 13C-resolved 3D NOESY experiments and a 2D homonuclear 1H NOESY experiment. Restraints for the backbone angles phi and psi were derived from ...詳細: Distance restraints were derived from 15N- or 13C-resolved 3D NOESY experiments and a 2D homonuclear 1H NOESY experiment. Restraints for the backbone angles phi and psi were derived from TALOS. Stereospecific assignments of Leu, Val methyl groups were obtained using a 10% fractionally 13C-labeled sample. HN-N residual dipolar couplings were measured using a spin-state-selective 1H,15N correlation experiment in dilute liquid crystalline medium.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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