[日本語] English
万見
- PDB-2k62: NMR solution structure of the supramolecular adduct between a liv... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k62
タイトルNMR solution structure of the supramolecular adduct between a liver cytosolic bile acid binding protein and a bile acid-based Gd(III)-chelate
要素Liver fatty acid-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / hepatospecific contrast agent / HADDOCK / Gd(III) bile acid adduct / Acetylation / Cytoplasm / Lipid-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ITL / YTTERBIUM (III) ION / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThis is the first solution structure of the complex between a bile acid binding protein and a ...This is the first solution structure of the complex between a bile acid binding protein and a synthetic chelate of a bile acid adduct with Gd(III), a model for a new hepatospecific contrast agent.
データ登録者Tomaselli, S. / Zanzoni, S. / Ragona, L. / Gianolio, E. / Aime, S. / Assfalg, M. / Molinari, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the supramolecular adduct between a liver cytosolic bile acid binding protein and a bile acid-based gadolinium(III)-chelate, a potential hepatospecific magnetic ...タイトル: Solution structure of the supramolecular adduct between a liver cytosolic bile acid binding protein and a bile acid-based gadolinium(III)-chelate, a potential hepatospecific magnetic resonance imaging contrast agent.
著者: Tomaselli, S. / Zanzoni, S. / Ragona, L. / Gianolio, E. / Aime, S. / Assfalg, M. / Molinari, H.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Liver fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0963
ポリマ－14,1001
非ポリマー9962
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Liver fatty acid-binding protein / L-FABP / Liver basic FABP / LB- FABP / Liver bile acid-binding protein / L-BABP


分子量: 14100.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FABP1 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80226
#2: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-ITL / (3alpha,5alpha,8alpha)-3-[(N,N-bis{2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl}-L-gamma-glutamyl)amino]cholan-24-oic acid


分子量: 822.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H66N4O13

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This is the first solution structure of the complex between a bile acid binding protein and a synthetic chelate of a bile acid adduct with Gd(III), a model for a new hepatospecific contrast agent.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.3 mM / 構成要素: protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.03 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Haddock water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る