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- PDB-2jbv: Crystal structure of choline oxidase reveals insights into the ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jbv
タイトルCrystal structure of choline oxidase reveals insights into the catalytic mechanism
要素CHOLINE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALCOHOL OXIDATION / FLAVOENYZME OXIDASE / COVALENTLY LINKED FAD / ARTHROBACTER GLOBIFORMIS / C4A-ADDUCT / FLAVOPROTEIN / GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE ENZYME SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


choline oxidase / choline:oxygen 1-oxidoreductase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #110 / Glucose Oxidase; domain 2 / Glucose Oxidase, domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Arc Repressor Mutant / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase ...Arc Repressor Mutant - #110 / Glucose Oxidase; domain 2 / Glucose Oxidase, domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Arc Repressor Mutant / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FAO / Choline oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Fan, F. / Gadda, G. / Orville, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Role of Glu312 in Binding and Positioning of the Substrate for the Hydride Transfer Reaction in Choline Oxidase.
著者: Quaye, O. / Lountos, G.T. / Fan, F. / Orville, A.M. / Gadda, G.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2004
タイトル: Cloning, Sequence Analysis, and Purification of Choline Oxidase from Arthrobacter Globiformis: A Bacterial Enzyme Involved in Osmotic Stress Tolerance
著者: Fan, F. / Ghanem, M. / Gadda, G.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2003
タイトル: Kinetic Mechanism of Choline Oxidase from Arthrobacter Globiformis
著者: Gadda, G.
#3: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2004
タイトル: The Trimethylammonium Headgroup of Choline is a Major Determinant for Substrate Binding and Specificity in Choline Oxidase
著者: Gadda, G. / Powell, N.L. / Menon, P.
#4: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: On the Catalytic Mechanism of Choline Oxidase
著者: Fan, F. / Gadda, G.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: On the Catalytic Role of the Conserved Active Site Residue His466 of Choline Oxidase
著者: Ghanem, M. / Gadda, G.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Effects of Reversing the Protein Positive Charge in the Proximity of the Flavin N(1) Locus of Choline Oxidase
著者: Ghanem, M. / Gadda, G.
履歴
登録2006年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINE OXIDASE
B: CHOLINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,53310
ポリマ－119,7982
非ポリマー1,7358
水17,457969
1
A: CHOLINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7665
ポリマ－59,8991
非ポリマー8684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CHOLINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7665
ポリマ－59,8991
非ポリマー8684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.355, 84.355, 343.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CHOLINE OXIDASE


分子量: 59898.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT LINKAGE BETWEEN C8M ATOM OF FAO AND NE2 ATOM OF HIS99 OF CHOLINE OXIDASE
由来: (組換発現) ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q7X2H8, choline oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAO / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aR)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,4a,5,10a-hexahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate


分子量: 789.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / pH: 8.5
詳細: 4.9 MG/ML CHOLINE OXIDASE, 100 MM BIS TRIS PROPANE PH 8.5, 1.2 M AMMONIUM SULFATE, 10% V/V DMSO, 23 C CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY SOAKING FOR 2 MIN IN 3.4 M SODIUM MALONATE PH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→1.91 Å / Num. obs: 97546 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CF3

1cf3


解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.752 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 528-546 WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 4894 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 92403 92.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8162 0 118 969 9249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0218493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.96711576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66451055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32123.547406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.075151317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7571577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9331.55398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34628495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31533487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6554.53081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 223
Rwork0.23 4472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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