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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2izk | |||||||||
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タイトル | STREPTAVIDIN-GLYCOLURIL PH 2.58 I4122 COMPLEX | |||||||||
要素 | STREPTAVIDIN | |||||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN / STREPTAVIDIN-SMALL MOLECULE LIGAND / DESIGNED SMALL MOLECULE LIGAND WITH MICROMOLAR AFFINITY | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Katz, B.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Binding of biotin to streptavidin stabilizes intersubunit salt bridges between Asp61 and His87 at low pH. 著者: Katz, B.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: In Crystals of Complexes of Streptavidin with Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence the Pka of the Peptide Histidine is Less Than 3.0 著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Structure-Based Design Tools: Structural and Thermodynamic Comparison with Biotin of a Small Molecule that Binds Streptavidin with Micromolar Affinity 著者: Katz, B.A. / Liu, B. / Cass, R.T. #3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Preparation of a Protein-Dimerizing Ligand by Topochemistry and Structure-Based Design 著者: Katz, B.A. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Topochemical Catalysis Achieved by Structure-Based Design 著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. / Liu, B. / Arze, R. / Collins, N. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Binding to Protein Targets of Peptidic Leads Discovered by Phage Display: Crystal Structures of Streptavidin-Bound Linear and Cyclic Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence 著者: Katz, B.A. #6: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995 タイトル: Structure-Based Design of High Affinity Streptavidin Binding Ligands Containing Thioether Crosslinks 著者: Katz, B.A. / Johnson, C.R. / Cass, R.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2izk.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2izk.ent.gz | 51.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2izk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2izk_validation.pdf.gz | 448 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2izk_full_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2izk_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2izk_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2izk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2izk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2izaC 2izbC 2izcC 2izdC 2izeC 2izfC 2izgC 2izhC 2iziC 2izjC 2izlC 2rtaC 2rtbC 2rtcC 2rtdC 2rteC 2rtfC 2rtgC 2rthC 2rtiC 2rtjC 2rtkC 2rtlC 2rtmC 2rtnC 2rtoC 2rtpC 2rtqC 2rtrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12965.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GLL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 % 解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * () + 0.10*I(H)I], WHERE I(H)I IS THE ITH OBSERVATION OF THE INTENSITY OF REFLECTION H (M.G.ROSSMANN ET AL., J.APPL.CRYST. 12, 570-581). THIS REJECTION ...解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * ( | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 2.58 詳細: SYNTHETIC MOTHER LIQUOR = 75 % SATURATED AMMONIUM SULFATE, 25% 1.0M POTASSIUM ACETATE ADJUSTED TO PH 2.58. COMPLEX PRODUCED BY SOAKING STREPTAVIDIN-2-IMINOBIOTIN CO-CRYSTAL. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pahler, A., (1987) J. Biol. Chem., 262, 13933. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 24284 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.32 Å / Num. measured all: 99961 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 1.3 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA13, GLU14, ALA15, (SIDE CHAIN OF ALA35), (CG, OD1, AND OD2 OF ASP36), (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2 OF GLU44), (CA AND HA1 ...詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA13, GLU14, ALA15, (SIDE CHAIN OF ALA35), (CG, OD1, AND OD2 OF ASP36), (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2 OF GLU44), (CA AND HA1 AND HA2 OF GLY48), (SIDE CHAIN OF ASN49), (SIDE CAHIN OF ALA50) (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2 OF GLU51), (TERMINUS OF ARG53), (CG, HG1, HG2 OF ARG84), (CD, HD1, HD2, NE, HE, CZ NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22 OF ARG84), (CB, HB1, HB2, HB3 OF ALA100), (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2 OF GLU101), (TERMINUS OF ARG103), (CD, OE1, OE2 OF GLU116), (CE, HE1, HE2 OF LYS121), (NZ, HZ1, HZ2, HZ3 OF LYS121), (CB, HB1, HB2, CG, HG1, HG2, CD, HD1, HD2) OF LYS134, (CE, HE1, HE2, NZ, HZ1, HZ2, HZ3 OF LYS134), PRO135. RESIDUES 60 - 69 WERE REFINED IN 2 CONFORMATIONS BECAUSE UPON PROTONATION OF ASP61 AT LOW PH, ASP61 UNDERGOES A LARGE SHIFT IN CONFORMATION AND CHANGE IN HYDROGEN BONDING. THE LOOP COMRISING RESIDUES 61 - 69 ALSO UNDERGOES CORRESPONDING CONFORMATIONAL CHANGES. HOWEVER SOME OF THESE RESIDUES ARE DISORDERED AND NOT VISIBLE IN EITHER CONFORMATION.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / % reflection obs: 23.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.178 |