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万見
- PDB-2gpp: Estrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gpp
タイトルEstrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain complexed with a RIP140 peptide and synthetic ligand GSK4716
要素
  • Estrogen-related receptor gamma
  • Nuclear receptor-interacting protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Estrogen related receptor / ERR / ERRg / ESRRG / Nuclear Receptor / Steroid Receptor / RIP140
機能・相同性
機能・相同性情報


ovarian follicle rupture / AF-2 domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / nuclear glucocorticoid receptor binding / nuclear steroid receptor activity / histone deacetylase complex / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding ...ovarian follicle rupture / AF-2 domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / nuclear glucocorticoid receptor binding / nuclear steroid receptor activity / histone deacetylase complex / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / SUMOylation of transcription cofactors / cellular response to estradiol stimulus / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / fibrillar center / histone deacetylase binding / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Oestrogen-related receptor ...Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXY-N'-(4-ISOPROPYLBENZYL)BENZOHYDRAZIDE / Nuclear receptor-interacting protein 1 / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Osband-miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structures of the estrogen-related receptor-gamma ligand binding domain in three functional states reveal the molecular basis of small molecule regulation.
著者: Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Orband-Miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.
履歴
登録2006年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
D: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1205
ポリマ－57,8354
非ポリマー2841
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.81, 203.81, 53.46
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYSAA233 - 4575 - 229
21PROPROALAALABB233 - 4565 - 228
12SERSERTHRTHRCC378 - 38813 - 23
22SERSERPROPRODD378 - 39013 - 25

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2


分子量: 26084.373 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues (229-458) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62508
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear factor RIP140 / Receptor-interacting protein 140


分子量: 2833.291 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues (366-390) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized. Occurs naturally in Humans. / 参照: UniProt: P48552
#3: 化合物 ChemComp-1BA / 4-HYDROXY-N'-(4-ISOPROPYLBENZYL)BENZOHYDRAZIDE


分子量: 284.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9% PEG 20K 0.1M MES buffer, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 25371 / Num. obs: 25066 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.029
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2
2.6-2.6484.93.20.40310760.858
2.64-2.6993.53.80.43111750.869
2.69-2.7498.64.60.34512480.876
2.74-2.899.75.40.36712950.911
2.8-2.861006.30.39712340.892
2.86-2.931007.50.36212760.904
2.93-31008.90.35812700.908
3-3.0810010.10.32712580.947
3.08-3.1710011.10.28512820.979
3.17-3.2810011.40.2112571.044
3.28-3.3910011.50.1612811.137
3.39-3.5310011.60.12112621.121
3.53-3.6910011.70.09212831.171
3.69-3.8810011.70.07512551.103
3.88-4.1310011.70.06112831.152
4.13-4.4510011.70.05212561.142
4.45-4.8910011.70.04712871.153
4.89-5.610011.70.04612600.957
5.6-7.0510011.60.04612590.986
7.05-5099.310.70.03712690.856

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GP7

2gp7


解像度: 2.6→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.449 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 764 3 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.233 25372 --
obs0.233 25065 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0.43 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3760 0 21 25 3806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.9985210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73338455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50325.849159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.57915730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.941510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.23558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.52570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1461.5953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93923843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22231602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9114.51367
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数RmsタイプWeight
1A13160.43MEDIUM POSITIONAL0.5
1A21230.79LOOSE POSITIONAL5
1A13161.2MEDIUM THERMAL2
1A21231.72LOOSE THERMAL10
2C650.54MEDIUM POSITIONAL0.5
2C1081.03LOOSE POSITIONAL5
2C650.89MEDIUM THERMAL2
2C1081.46LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 37 -
Rwork0.327 1590 -
all-1627 -
obs--86.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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