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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gjn | ||||||
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タイトル | crystal structure of 2-nitropropane dioxygenase complexed with FMN and substrate | ||||||
要素 | hypothetical protein PA1024 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / 2-nitropropane dioxygenase / FMN / 2-nitropropane / substrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / nitronate monooxygenase activity / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of 2-Nitropropane Dioxygenase Complexed with FMN and Substrate: identification of the catalytic base 著者: Ha, J.Y. / Min, J.Y. / Lee, S.K. / Kim, H.S. / Kim, J. / Kim, K.H. / Lee, H.H. / Kim, H.K. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gjn.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gjn.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gjn_validation.pdf.gz | 761 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gjn_full_validation.pdf.gz | 767.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gjn_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gjn_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34860.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9I4V0, EC: 1.13.11.32 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-NIS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES at pH 7.0, 5%(w/v) tacsimate at pH 7.0, 10%(w/v) PEG MME 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9791, 0.9749, 0.9500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月3日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.68 / 反射: 14435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.67 / 反射: 14409 / Reflection acentric: 12813 / Reflection centric: 1596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 68.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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Xplor file |
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