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Yorodumi- PDB-2gjn: crystal structure of 2-nitropropane dioxygenase complexed with FM... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gjn | ||||||
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Title | crystal structure of 2-nitropropane dioxygenase complexed with FMN and substrate | ||||||
Components | hypothetical protein PA1024 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 2-nitropropane dioxygenase / FMN / 2-nitropropane / substrate | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / nitronate monooxygenase activity / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Suh, S.W. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006 Title: Crystal Structure of 2-Nitropropane Dioxygenase Complexed with FMN and Substrate: identification of the catalytic base Authors: Ha, J.Y. / Min, J.Y. / Lee, S.K. / Kim, H.S. / Kim, J. / Kim, K.H. / Lee, H.H. / Kim, H.K. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2gjn.cif.gz | 81.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2gjn.ent.gz | 59.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2gjn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2gjn_validation.pdf.gz | 761 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2gjn_full_validation.pdf.gz | 767.7 KB | Display | |
Data in XML | 2gjn_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 2gjn_validation.cif.gz | 24.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjn | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34860.902 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Species: Pseudomonas aeruginosa / Strain: PA01 / Plasmid: pET21a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: Q9I4V0, EC: 1.13.11.32 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Chemical | ChemComp-NIS / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M HEPES at pH 7.0, 5%(w/v) tacsimate at pH 7.0, 10%(w/v) PEG MME 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 0.9791, 0.9749, 0.9500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2003 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.68 / Reflection: 14435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.67 / Reflection: 14409 / Reflection acentric: 12813 / Reflection centric: 1596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→15 Å / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 68.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.75 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→15 Å
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Xplor file |
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