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- PDB-2gdd: Human beta II tryptase with inhibitor CRA-27592 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gdd
タイトルHuman beta II tryptase with inhibitor CRA-27592
要素Tryptase beta-2
キーワードHYDROLASE / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5AM / Tryptase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Somoza, J.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human beta II tryptase with inhibitor CRA-27592
著者: Somoza, J.R.
履歴
登録2006年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase beta-2
B: Tryptase beta-2
C: Tryptase beta-2
D: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2818
ポリマ－109,9664
非ポリマー2,3154
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.015, 78.015, 163.98
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細The asymmetric unit is a tetramer, which is the biological unit.

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要素

#1: タンパク質
Tryptase beta-2 / Tryptase-2 / Tryptase II


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2, TPS2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P20231, tryptase
#2: 化合物
ChemComp-5AM / BENZYL {(1S)-5-AMINO-1-[(S)-HYDROXY(5-{[4-(4-PHENYLBUTANOYL)PIPERAZIN-1-YL]METHYL}-1,2,4-OXADIAZOL-3-YL)METHYL]PENTYL}CARBAMATE


分子量: 578.702 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H42N6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: Tryptase was purchased from Promega (catalog #G563X). The protein was formulated as a 2 mg/mL solution in 10 mM MES (pH 6.1) and 2M NaCl, and was crystallized from a solution of 0.1 M NaoAc ...詳細: Tryptase was purchased from Promega (catalog #G563X). The protein was formulated as a 2 mg/mL solution in 10 mM MES (pH 6.1) and 2M NaCl, and was crystallized from a solution of 0.1 M NaoAc (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulfate and 30% PEG 1500 (all reagents obtained from Hampton Research). Crystallization drops were set up at various ratios of protein solution to crystallization solution. Crystals appeared in 2-5 days at room temperature., VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19.7 Å / Num. obs: 46451 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Num. unique obs: 2309 / Χ2: 0.912 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→19.7 Å / FOM work R set: 0.814 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 4369 9.4 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.219 43417 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.296 Å2-4.88 Å20 Å2
2---3.296 Å20 Å2
3---6.593 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 168 136 7984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.35-2.370.346790.296701780
2.37-2.380.289940.291688782
2.38-2.40.38740.298707781
2.4-2.420.327860.291748834
2.42-2.430.363790.29696775
2.43-2.450.31880.296722810
2.45-2.470.341800.276697777
2.47-2.490.323960.273756852
2.49-2.510.317750.278756831
2.51-2.530.314720.287731803
2.53-2.550.368890.271735824
2.55-2.580.359750.276692767
2.58-2.60.287790.267771850
2.6-2.620.331810.275730811
2.62-2.650.337850.289758843
2.65-2.670.254880.254744832
2.67-2.70.289810.267788869
2.7-2.730.303740.25762836
2.73-2.760.314740.271784858
2.76-2.790.349880.261763851
2.79-2.820.294880.283780868
2.82-2.850.343870.268760847
2.85-2.890.338900.278819909
2.89-2.920.304900.239746836
2.92-2.960.284850.258807892
2.96-30.273970.249821918
3-3.040.347790.25740819
3.04-3.090.253990.251804903
3.09-3.140.291950.241841936
3.14-3.190.308880.255770858
3.19-3.240.27990.239817916
3.24-3.30.242900.232818908
3.3-3.370.258970.227823920
3.37-3.440.255840.207820904
3.44-3.510.238910.2805896
3.51-3.590.24890.2798887
3.59-3.680.251070.218838945
3.68-3.780.231090.183797906
3.78-3.890.23950.203832927
3.89-4.020.228840.185820904
4.02-4.160.167860.146816902
4.16-4.330.222920.151881973
4.33-4.520.19810.154813894
4.52-4.760.204870.159807894
4.76-5.060.164980.148832930
5.06-5.450.202790.183854933
5.45-60.184930.193839932
6-6.870.2041000.19814914
6.87-8.640.1931050.161830935
8.64-500.208680.148777845
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2inh2.par
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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