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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f6x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase complexed with sn-G1P and MPD | ||||||
![]() | (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / non-canonical TIM-barrel / prenyltransferase / archaeal lipid synthesis / sn-glycerol-1-phosphate / 2-methyl-2 / 4-pentanediol / dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Payandeh, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase reveals an ancient fold for an ancient enzyme 著者: Payandeh, J. / Fujihashi, M. / Gillon, W. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26455.082 Da / 分子数: 2 / 断片: GGGPS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: three amino acids remain after removal of the his-tag, GSH 遺伝子: pcrB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O29844, geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, sodium citrate, sn-glycerol-1-phosphate (added during cryoprotection), 2-methyl-2,4-pentanediol (added during cryoprotection), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator, bent-flat Si-mirror (Rh coated) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 37366 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.656 / D res high: 2 Å / D res low: 100 Å / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 37366 / Num. obs: 37366 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. measured obs: 3746 / Χ2: 1.604 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.779 / Packing: 0.521
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Determined from a SeMet MAD experiment 解像度: 2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
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溶媒の処理 | Bsol: 49.654 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.415 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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