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万見
- PDB-2f6x: Crystal Structure of (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f6x
タイトルCrystal Structure of (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase complexed with sn-G1P and MPD
要素(S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase
キーワードTRANSFERASE / non-canonical TIM-barrel / prenyltransferase / archaeal lipid synthesis / sn-glycerol-1-phosphate / 2-methyl-2 / 4-pentanediol / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / heptaprenylglyceryl phosphate synthase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase, archaea / GGGP/HepGP synthase group I / FMN-linked oxidoreductases / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase/Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase superfamily / PcrB family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Payandeh, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase reveals an ancient fold for an ancient enzyme
著者: Payandeh, J. / Fujihashi, M. / Gillon, W. / Pai, E.F.
履歴
登録2005年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase
B: (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4916
ポリマ－52,9102
非ポリマー5804
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.880, 95.880, 166.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 (S)-3-O-Geranylgeranylglyceryl Phosphate Synthase / E.C.2.5.1.42 / GGGPS / Protein pcrB homolog


分子量: 26455.082 Da / 分子数: 2 / 断片: GGGPS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
解説: three amino acids remain after removal of the his-tag, GSH
遺伝子: pcrB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O29844, geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, sodium citrate, sn-glycerol-1-phosphate (added during cryoprotection), 2-methyl-2,4-pentanediol (added during cryoprotection), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月31日
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator, bent-flat Si-mirror (Rh coated)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 37366 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.656 / D res high: 2 Å / D res low: 100 Å / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.3110099.710.0271.716
3.424.3199.910.0281.816
2.993.4210010.0371.657
2.712.9910010.0461.601
2.522.7110010.0631.708
2.372.5210010.0841.665
2.252.3710010.1141.633
2.152.2510010.1471.582
2.072.1510010.1921.568
22.0710010.2581.604
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 37366 / Num. obs: 37366 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.656
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. measured obs: 3746 / Χ2: 1.604 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.779 / Packing: 0.521
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct99.9 0
Translation4 Å15 Ågeneral99.9 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Determined from a SeMet MAD experiment

解像度: 2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 1868 4.9 %random
Rwork0.1879 ---
all-37366 --
obs-35498 --
溶媒の処理Bsol: 49.654 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 34.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.895 Å2-2.374 Å20 Å2
2---0.895 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3767 0 20 238 4025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.0123.218
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.9684.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.4815.018
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.1326.605
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3g1p.par
X-RAY DIFFRACTION4mpd.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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