+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f3r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Of E.coli Guanylate Kinase In Complex With Ap5G | ||||||
![]() | Guanylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GMP KINASE / GUANYLATE KINASE / NUCLEOTIDE ANALOGUE | ||||||
機能・相同性 | ![]() guanylate kinase / guanylate kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hible, G. / Cherfils, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of GMP kinase in complex with ganciclovir monophosphate and Ap5G. 著者: Hible, G. / Daalova, P. / Gilles, A.M. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 897.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 909.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF A DIMER (CHAINS A and B). The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23625.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 4000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→28 Å / Num. all: 13344 / Num. obs: 13344 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 27.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2192 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AN9 解像度: 2.5→27.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1728695.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4334 Å2 / ksol: 0.312595 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|