PDB-2d1g: Structure of Francisella tularensis Acid Phosphatase A (AcpA) bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d1g

タイトル

Structure of Francisella tularensis Acid Phosphatase A (AcpA) bound to orthovanadate

要素

acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Francisella tularensis / Acid Phosphatase / AcpA / decavanadate / vanadate

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoric ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Felts, R.L. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of Francisella tularensis AcpA: prototype of a unique superfamily of acid phosphatases and phospholipases C
著者: Felts, R.L. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2005年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d1g.cif.gz	209.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d1g.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5h6s-2 5bz3-1 1yni-2 3nh2-d 5fyg-d 3a1i-1 5x1m-2 3f96-d 6f8c-d 6ko0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: acid phosphatase

B: acid phosphatase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.081, 144.399, 123.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	acid phosphatase 分子量: 56338.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア) 生物種: Francisella tularensis / 株: subsp. novicida / 遺伝子: acpA / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2A5P7, UniProt: A0Q436*PLUS, acid phosphatase

#1: タンパク質

acid phosphatase

分子量: 56338.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
生物種: Francisella tularensis / 株: subsp. novicida / 遺伝子: acpA / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2A5P7, UniProt: A0Q436*PLUS, acid phosphatase

-
非ポリマー , 7種, 559分子

#2: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂₀O₅
#5: 化合物	ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-DVT / DECAVANADATE 分子量: 957.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₈V₁₀
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 1500, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	160	1
2	160	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	1.127129
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.6531

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2004年7月1日
SBC-3	2	CCD	2004年8月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.127129	1
2	1.6531	1

Reflection

冗長度: 14.4 % / 数: 39861 / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.985 / D res high: 2.39 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.39	2.48	100	1	0.118	0.934	13.4
5.15	50	99	1	0.056	1.067	13.7
4.09	5.15	100	1	0.056	0.879	14.4
3.57	4.09	100	1	0.059	0.868	14.6
3.24	3.57	100	1	0.066	1.001	14.6
3.01	3.24	100	1	0.072	0.917	14.6
2.83	3.01	100	1	0.078	1.054	14.6
2.69	2.83	100	1	0.086	1.081	14.5
2.57	2.69	100	1	0.097	1.081	14.5
2.48	2.57	100	1	0.107	0.962	14.5

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 98137 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 1.015

反射シェル

解像度: 1.75→1.81 Å / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.357 / Num. measured obs: 9497 / Χ²: 0.975

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散
Phasing MAD	D res high: 1.75 Å / D res low: 44.23 Å / FOM acentric: 0.364 / FOM centric: 0.489 / Reflection acentric: 92746 / Reflection centric: 5082
Phasing dm shell	解像度: 1.75→50 Å / Delta phi final: 0.29 / FOM : 0.315 / 反射: 98049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
CNS		精密化
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.27 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	4923	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	-	98094	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7511	0	90	550	8151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	7873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.949	10838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.775	5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.989	25.602	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.025	15	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.924	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	5213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.198	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.777	2	7659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.39	3	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.885	4.5	3115

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	358	-
R_work	0.244	6642	-
all	-	7000	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9651	-0.3398	-0.1748	0.8885	-0.0303	1.5483	0.0466	0.0615	0.0032	0.0365	-0.0175	-0.0713	0.182	0.1939	-0.0291	-0.2037	0.0256	-0.0402	-0.1203	-0.0214	-0.1226	43.6894	38.9396	5.6175
2	0.6696	-0.2177	-0.2159	2.2039	-0.1725	0.7484	-0.0251	-0.0269	0.0812	0.8205	0.0992	0.2248	-0.2583	-0.0869	-0.0741	0.187	0.0558	0.1165	-0.1154	0.0179	-0.0996	24.0836	67.5203	27.1085
3	9.4024	-6.3033	-2.9964	9.7998	-2.0077	5.8684	-0.0382	-0.0315	0.0204	0.3607	0.2062	0.5981	-0.5267	-0.2188	-0.168	-0.1974	-0.0196	0.0612	-0.1067	0.0232	-0.0666	21.143	96.4999	12.8641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 489	5 - 489
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 489	6 - 489
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	G	2001

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