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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c27 | |||||||||
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タイトル | The Structure of Mycothiol Synthase in Complex with des- AcetylMycothiol and CoenzymeA. | |||||||||
要素 | MYCOTHIOL SYNTHASE | |||||||||
キーワード | SYNTHASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / MYCOTHIOL SYNTHASE / DES- ACETYLMYCOTHIOL / ACETYLTRANSFERASE / GNAT / GCN5 RELATED N- ACETYLTRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycothiol synthase / mycothiol metabolic process / mycothiol synthase activity / N-terminal peptidyl-alanine acetylation / Mycothiol biosynthesis / mycothiol biosynthetic process / peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / cellular response to acidic pH / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups ...mycothiol synthase / mycothiol metabolic process / mycothiol synthase activity / N-terminal peptidyl-alanine acetylation / Mycothiol biosynthesis / mycothiol biosynthetic process / peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / cellular response to acidic pH / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / cellular response to hydrogen peroxide / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Vetting, M.W. / Yu, M. / Rendle, P.M. / Blanchard, J.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: The Substrate-Induced Conformational Change of Mycobacterium Tuberculosis Mycothiol Synthase. 著者: Vetting, M.W. / Yu, M. / Rendle, P.M. / Blanchard, J.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c27.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c27.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c27.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2c27_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2c27_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2c27_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2c27_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c27 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ozpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33639.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O53831, UniProt: P9WJM7*PLUS |
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#2: 糖 | ChemComp-MA8 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#4: 化合物 | ChemComp-COA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | DES-ACETYLMYCO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.67 % |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 1 M NA3CITRATE PH 8.5 100 MM BICINE PH 8.8 7.7 MM DESACETYL-MYCOTHIOL 5.3 MM COENZYMEA 40 MM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS-IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC CONFOCAL MAXFLUX OPTICS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 24682 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OZP 解像度: 1.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7512 Å2 / ksol: 0.407886 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 10 /
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