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- PDB-2bm2: human beta-II tryptase in complex with 4-(3-Aminomethyl-phenyl)- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bm2
タイトルhuman beta-II tryptase in complex with 4-(3-Aminomethyl-phenyl)- piperidin-1-yl-(5-phenethyl- pyridin-3-yl)-methanone
要素HUMAN BETA2 TRYPTASE
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE INHIBITOR / GLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / PROTEASE / SERINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / : / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PM2 / Tryptase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maignan, S. / Guilloteau, J.-P. / Dupuy, A. / Levell, J. / Astles, P. / Eastwood, P. / Cairns, J. / Houille, O. / Aldous, S. / Merriman, G. ...Maignan, S. / Guilloteau, J.-P. / Dupuy, A. / Levell, J. / Astles, P. / Eastwood, P. / Cairns, J. / Houille, O. / Aldous, S. / Merriman, G. / Whiteley, B. / Pribish, J. / Czekaj, M. / Liang, G. / Davidson, J. / Harrison, T. / Morley, A. / Watson, S. / Fenton, G. / Mccarthy, C. / Romano, J. / Mathew, R. / Engers, D. / Gardyan, M. / Sides, K. / Kwong, J. / Tsay, J. / Rebello, S. / Shen, L. / Wang, J. / Luo, Y. / Giardino, O. / Lim, H.-K. / Smith, K. / Pauls, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure Based Design of 4-(3-Aminomethylphenyl) Piperidinyl-1-Amides: Novel, Potent, Selective, and Orally Bioavailable Inhibitors of Bii Tryptase
著者: Levell, J. / Astles, P. / Eastwood, P. / Cairns, J. / Houille, O. / Aldous, S. / Merriman, G. / Whitley, B. / Pribish, J. / Czekaj, M. / Liang, G. / Maignan, S. / Guilloteau, J.-P. / Dupuy, A. ...著者: Levell, J. / Astles, P. / Eastwood, P. / Cairns, J. / Houille, O. / Aldous, S. / Merriman, G. / Whitley, B. / Pribish, J. / Czekaj, M. / Liang, G. / Maignan, S. / Guilloteau, J.-P. / Dupuy, A. / Davidson, J. / Harrison, T. / Morley, A. / Watson, S. / Fenton, G. / Mccarthy, C. / Romano, J. / Mathew, R. / Engers, D. / Gardyan, M. / Sides, K. / Kwong, J. / Tsay, J. / Rebello, S. / Shen, L. / Wang, J. / Luo, Y. / Giardino, O. / Lim, H.-K. / Smith, K. / Pauls, H.
履歴
登録2005年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN BETA2 TRYPTASE
B: HUMAN BETA2 TRYPTASE
C: HUMAN BETA2 TRYPTASE
D: HUMAN BETA2 TRYPTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5648
ポリマ－109,9664
非ポリマー1,5984
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.000, 82.000, 171.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.97483, -0.00822, 0.22281), (0.006, -0.99993, -0.01066), (0.22288, -0.00905, 0.9748)47.24405, 38.386, -4.3492
2given(-0.96382, 0.26628, 0.01239), (0.26628, 0.96389, -0.00221), (-0.01253, 0.00117, -0.99992)39.67802, -5.31754, 0.671
3given(0.94349, -0.247, -0.22094), (-0.25164, -0.96779, 0.00735), (-0.21564, 0.04866, -0.97526)45.32941, 43.31, 4.121

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要素

#1: タンパク質
HUMAN BETA2 TRYPTASE / TRYPTASE 2 / TRYPTASE II


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEGLYCOSYLATED PROTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P20231, tryptase
#2: 化合物
ChemComp-PM2 / 1-[3-(1-{[5-(2-PHENYLETHYL)PYRIDIN-3-YL]CARBONYL}PIPERIDIN-4-YL)PHENYL]METHANAMINE / [4-(3-AMINOMETHYL-PHENYL)-PIPERIDIN-1-YL]-(5-PHENETHYL- PYRIDIN-3-YL)-METHANONE


分子量: 399.528 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: MAJOR NEUTRAL PROTEASE PRESENT IN MAST CELLS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K
詳細: PEG 3000 13-19%. NA.ACETATE 100 MM PH 5. T=18 DEG C. TAKES ABOUT 3 DAYS TO GET 200 MICROMETRE SILEX SHAPED CRYSTALS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 51879 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR981精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A0L

1a0l


解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 -5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 51827 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7648 0 120 377 8145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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