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万見
- PDB-2bhw: PEA LIGHT-HARVESTING COMPLEX II AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bhw
タイトルPEA LIGHT-HARVESTING COMPLEX II AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION
要素CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN AB80
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LHC-II / LIGHT-HARVESTING / MEMBRANE PROTEIN / CHLOROPHYLL / CHLOROPLAST / CHROMOPHORE / MEMBRANE / PHOSPHORYLATION / PHOTOSYSTEM I / PHOTOSYSTEM II / PLASTID / THYLAKOID / TRANSIT PEPTIDE / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-LUX / Chem-NEX / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種PISUM SATIVUM (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Standfuss, J. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Lamborghini, M. / Kuehlbrandt, W.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Mechanisms of Photoprotection and Nonphotochemical Quenching in Pea Light-Harvesting Complex at 2.5 A Resolution.
著者: Standfuss, J. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Lamborghini, M. / Kuehlbrandt, W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Atomic Model of Plant Light-Harvesting Complex by Electron Crystallography
著者: Kuehlbrandt, W. / Wang, D.N. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_database_proc ...database_PDB_caveat / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_validate_chiral
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN AB80
B: CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN AB80
C: CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN AB80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,67063
ポリマ－74,7603
非ポリマー49,91060
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)211.400, 128.000, 62.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.04114, -0.7272, -0.68519), (0.7173, -0.49889, 0.48641), (-0.69555, -0.47148, 0.54214)143.37335, 41.34145, 94.8063
2given(-0.04235, 0.71869, -0.69404), (-0.72416, -0.50066, -0.47426), (-0.68833, 0.48251, 0.54165)42.14149, 169.58359, 27.22568

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN AB80 / LIGHT-HARVESTING COMPLEX II / LHCP / LHCII TYPE I CAB-AB80


分子量: 24920.049 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 器官: CHLOROPLAST / 組織: LEAVES / 参照: UniProt: P07371
#8: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 7種, 78分子

#2: 化合物
ChemComp-LUX / (3R,3'R,6'S,9R,9'R,13R,13'S)-4',5'-DIDEHYDRO-5',6',7',8',9,9',10,10',11,11',12,12',13,13',14,14',15,15'-OCTADECAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL


分子量: 584.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H72O2
#3: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#4: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#5: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#6: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#7: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX (LHC) FUNCTIONS AS A LIGHT RECEPTOR, IT CAPTURES AND DELIVERS ...THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX (LHC) FUNCTIONS AS A LIGHT RECEPTOR, IT CAPTURES AND DELIVERS EXCITATION ENERGY TO PHOTOSYSTEMS WITH WHICH IT IS CLOSELY ASSOCIATED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
解説: THE MODEL USED FOR MR WAS 3.4 ANGSTROM EM MAP. KUEHLBRANDT ET AL., 1994.
結晶化pH: 5.5
詳細: 14 % PEG 350 MMME 50 MM MES PH 5.5 10 % GLYCEROL, 20 MM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 47867 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 103.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.99
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 70.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5F精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EM MAP

解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 990 2 %0.2201
Rwork0.2196 ---
all0.2201 ---
obs0.2196 47867 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5049 0 3303 21 8373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01188292
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.727124052
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.2629760
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct12
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01811462
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01150527
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.666827720
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0922795
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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