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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2anz | ||||||
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タイトル | cytochrome c peroxidase in complex with 2,6-diaminopyridine | ||||||
![]() | Cytochrome c peroxidase, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / MODEL BINDING SITE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing molecular docking in a charged model binding site. 著者: Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2aqdC ![]() 2as1C ![]() 2as2C ![]() 2as3C ![]() 2as4C ![]() 2as6C ![]() 2eunC ![]() 2euoC ![]() 2eupC ![]() 2euqC ![]() 2eurC ![]() 2eusC ![]() 2eutC ![]() 2euuC ![]() 1ac4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33459.242 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CCP1, CCP, CPO / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-26D / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MES, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月24日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 41392 / Num. obs: 39610 / % possible obs: 96.9 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AC4 解像度: 1.75→39.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 262020.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.9998 Å2 / ksol: 0.381305 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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