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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aig | ||||||
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タイトル | ADAMALYSIN II WITH PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR POL647 | ||||||
![]() | ADAMALYSIN II | ||||||
![]() | HYDROLAST/HYDROLASE INHIBITOR / ZINC PROTEASE / METALLOENDOPETIDASE / COMPLEX OF METALLOPROTEASE-INHIBITOR / HYDROLAST-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() adamalysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Gomis-Rueth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of adamalysin II with peptidic inhibitors. Implications for the design of tumor necrosis factor alpha convertase inhibitors. 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. #1: ![]() タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison ...タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison with Astacin, Collagenase and Thermolysin 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Kellermann, J. / Mayr, I. / Lee, X. / Huber, R. / Bode, W. #2: ![]() タイトル: First Structure of a Snake Venom Metalloproteinase: A Prototype for Matrix Metalloproteinases/Collagenases 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#1: タンパク質 | 分子量: 23179.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 169分子 ![](data/chem/img/0GR.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-0GR / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTIDASE ACTIVITY BY GLUTAMINE CYCLATION TO RENDER ...THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % |
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結晶化 | 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE |
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Kurecki, T., (1978) J. Biol. Chem., 253, 8340. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.8 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | モノクロメーター: NI-FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 11018 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 48.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 27819 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48.2 % / 冗長度: 1.6 % / Num. unique obs: 924 / Num. measured obs: 1486 / Rmerge(I) obs: 0.325 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY 開始モデル: NATIVE ADAMALYSIN II (PDB ENTRY 1IAG) 解像度: 2.6→7 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→7 Å
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拘束条件 |
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