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- EMDB-29908: Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29908
タイトルStructure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v), locally refined map
マップデータMap post-processed with DeepEMhancer
試料
  • 複合体: Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in complex with Fabs NDS.1 and 1G01
    • タンパク質・ペプチド: Vasodilator-stimulated phosphoprotein, Neuraminidase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.1, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.1, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1G01, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1G01, light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードneuraminidase / antibody / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


profilin binding / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / actin polymerization or depolymerization / filopodium membrane / positive regulation of actin filament polymerization / : / : / : / exo-alpha-sialidase ...profilin binding / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / actin polymerization or depolymerization / filopodium membrane / positive regulation of actin filament polymerization / : / : / : / exo-alpha-sialidase / lamellipodium membrane / Generation of second messenger molecules / bicellular tight junction / viral budding from plasma membrane / axon guidance / neural tube closure / SH3 domain binding / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / protein homotetramerization / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / focal adhesion / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vasodilator-stimulated phosphoprotein/ENA/VASP-like / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 ...Vasodilator-stimulated phosphoprotein/ENA/VASP-like / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuraminidase / Vasodilator-stimulated phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Indiana/10/2011(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Lederhofer J / Kwong PD / Kanekiyo M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Protective human monoclonal antibodies target conserved sites of vulnerability on the underside of influenza virus neuraminidase.
著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / ...著者: Julia Lederhofer / Yaroslav Tsybovsky / Lam Nguyen / Julie E Raab / Adrian Creanga / Tyler Stephens / Rebecca A Gillespie / Hubza Z Syeda / Brian E Fisher / Michelle Skertic / Christina Yap / Andrew J Schaub / Reda Rawi / Peter D Kwong / Barney S Graham / Adrian B McDermott / Sarah F Andrews / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
要旨: Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the ...Continuously evolving influenza viruses cause seasonal epidemics and pose global pandemic threats. Although viral neuraminidase (NA) is an effective drug and vaccine target, our understanding of the NA antigenic landscape still remains incomplete. Here, we describe NA-specific human antibodies that target the underside of the NA globular head domain, inhibit viral propagation of a wide range of human H3N2, swine-origin variant H3N2, and H2N2 viruses, and confer both pre- and post-exposure protection against lethal H3N2 infection in mice. Cryo-EM structures of two such antibodies in complex with NA reveal non-overlapping epitopes covering the underside of the NA head. These sites are highly conserved among N2 NAs yet inaccessible unless the NA head tilts or dissociates. Our findings help guide the development of effective countermeasures against ever-changing influenza viruses by identifying hidden conserved sites of vulnerability on the NA underside.
履歴
登録2023年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29908.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map post-processed with DeepEMhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 216 pix.
= 239.76 Å		1.11 Å/pix.
x 216 pix.
= 239.76 Å		1.11 Å/pix.
x 216 pix.
= 239.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.017567363 - 2.0593307
平均 (標準偏差)0.0023304084 (±0.034773048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 239.76001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29908_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before post-processing

ファイルemd_29908_additional_1.map
注釈Map before post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map automatically post-processed with Relion

ファイルemd_29908_additional_2.map
注釈Map automatically post-processed with Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_29908_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_29908_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in c...

全体名称: Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in complex with Fabs NDS.1 and 1G01
要素
  • 複合体: Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in complex with Fabs NDS.1 and 1G01
    • タンパク質・ペプチド: Vasodilator-stimulated phosphoprotein, Neuraminidase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.1, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NDS.1, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1G01, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1G01, light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in c...

超分子名称: Influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) in complex with Fabs NDS.1 and 1G01
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 580 KDa

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分子 #1: Vasodilator-stimulated phosphoprotein, Neuraminidase chimera

分子名称: Vasodilator-stimulated phosphoprotein, Neuraminidase chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Indiana/10/2011(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indiana/10/2011(H3N2)
分子量理論値: 51.799113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGLSWIFL AAILKGVQCA DPHHHHHHSS SDYSDLQRVK QELLEEVKKE LQKVKEEIIE AFVQELRKRG SLVPRGSGGE YRNWSKPQC NITGFAPFSK DNSIRLSAGG DIWVTREPYV SCDPDKCYQF ALGQGTTLNN GHSNNTVHDR TPYRTLLMNE L GVPFHLGT ...文字列:
MEFGLSWIFL AAILKGVQCA DPHHHHHHSS SDYSDLQRVK QELLEEVKKE LQKVKEEIIE AFVQELRKRG SLVPRGSGGE YRNWSKPQC NITGFAPFSK DNSIRLSAGG DIWVTREPYV SCDPDKCYQF ALGQGTTLNN GHSNNTVHDR TPYRTLLMNE L GVPFHLGT RQVCMAWSSS SCHDGKAWLH VCITGNDNNA TASFIYNGRL VDSIGSWSKN ILRTQESECV CINGTCTVVM TD GSASGKA DTKILFVEEG KIVHISTLSG SAQHVEECSC YPRFPGVRCV CRDNWKGSNR PIVDINVKNY SIVSSYVCSG LVG DTPRKS DSVSSSYCLD PNNEKGGHGV KGWAFDDGND VWMGRTINET LRLGYETFKV IEGWSKANSK LQTNRQVIVE KGDR SGYSG IFSVEGKSCI NRCFYVELIR GRKEETKVWW TSNSIVVFCG TSGTYGTGSW PDGADINLMP I

UniProtKB: Vasodilator-stimulated phosphoprotein, Neuraminidase

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分子 #2: Fab NDS.1, heavy chain

分子名称: Fab NDS.1, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.597711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLRQWGAG LLKPSETLSL TCDVYGGSFN FYFWTWIRQP PGKGLEWLGE ITHSGSATYI PSLKSRVTLS VDTSKGQFSL KLTSVNVAD TAVYYCAGLP IDYDTVHLGY YPMDVWGQGT PVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
QVQLRQWGAG LLKPSETLSL TCDVYGGSFN FYFWTWIRQP PGKGLEWLGE ITHSGSATYI PSLKSRVTLS VDTSKGQFSL KLTSVNVAD TAVYYCAGLP IDYDTVHLGY YPMDVWGQGT PVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DK

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分子 #3: Fab NDS.1, light chain

分子名称: Fab NDS.1, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.356955 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NYLAWYQQKP GKVPKLLIYG ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDIATYFCQ EYNNAPRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NYLAWYQQKP GKVPKLLIYG ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDIATYFCQ EYNNAPRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: Fab 1G01, heavy chain

分子名称: Fab 1G01, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.981021 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DEVQLVESGG RALRPGGSLR LSCAASGFKF DDYAMSWVRQ VPGKGLEFVS GLNWNGDITA YTDSVKGRFT VSRDNAKNSL YLHINSPKP EDTALYYCAR TSSWGDYTRG PEPKITWYFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
DEVQLVESGG RALRPGGSLR LSCAASGFKF DDYAMSWVRQ VPGKGLEFVS GLNWNGDITA YTDSVKGRFT VSRDNAKNSL YLHINSPKP EDTALYYCAR TSSWGDYTRG PEPKITWYFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCHHHH HH

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分子 #5: Fab 1G01, light chain

分子名称: Fab 1G01, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.677273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DDIQLTQSPS FLSASVGDRI TITCRASQGI DGYLAWYQQR PGKAPNLLIY AASLLQSGVP SRFSGSGYGT EFTLTISSLQ PEDFATYYC QHLDSYPLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DDIQLTQSPS FLSASVGDRI TITCRASQGI DGYLAWYQQR PGKAPNLLIY AASLLQSGVP SRFSGSGYGT EFTLTISSLQ PEDFATYYC QHLDSYPLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 250796
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77689
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8gau:
Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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