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- EMDB-29905: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29905
タイトルvFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: vFP48.02 light chain
    • タンパク質・ペプチド: vFP48.02 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / SOSIP / Vaccine (ワクチン) / fusion peptide (膜融合タンパク質) / FP / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Diverse Murine Vaccinations Reveal Distinct Antibody Classes to Target Fusion Peptide and Variation in Peptide Length to Improve HIV Neutralization.
著者: Mallika Sastry / Anita Changela / Jason Gorman / Kai Xu / Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Cheng Cheng / Hui Geng / Sijy O'Dell / Li Ou / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Guillaume B E Stewart- ...著者: Mallika Sastry / Anita Changela / Jason Gorman / Kai Xu / Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Cheng Cheng / Hui Geng / Sijy O'Dell / Li Ou / Reda Rawi / Mateo Reveiz / Guillaume B E Stewart-Jones / Shuishu Wang / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Andrea Biju / Michael Chambers / Xuejun Chen / Angela R Corrigan / Bob C Lin / Mark K Louder / Krisha McKee / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Danealle K Parchment / Edward K Sarfo / Tyler Stephens / Jonathan Stuckey / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Yiran Wang / Cheng-Yan Zheng / Yuling Chen / Nicole A Doria-Rose / Adrian B McDermott / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: While neutralizing antibodies that target the HIV-1 fusion peptide have been elicited in mice by vaccination, antibodies reported thus far have been from only a single antibody class that could ...While neutralizing antibodies that target the HIV-1 fusion peptide have been elicited in mice by vaccination, antibodies reported thus far have been from only a single antibody class that could neutralize ~30% of HIV-1 strains. To explore the ability of the murine immune system to generate cross-clade neutralizing antibodies and to investigate how higher breadth and potency might be achieved, we tested 17 prime-boost regimens that utilized diverse fusion peptide-carrier conjugates and HIV-1 envelope trimers with different fusion peptides. We observed priming in mice with fusion peptide-carrier conjugates of variable peptide length to elicit higher neutralizing responses, a result we confirmed in guinea pigs. From vaccinated mice, we isolated 21 antibodies, belonging to 4 distinct classes of fusion peptide-directed antibodies capable of cross-clade neutralization. Top antibodies from each class collectively neutralized over 50% of a 208-strain panel. Structural analyses - both X-ray and cryo-EM - revealed each antibody class to recognize a distinct conformation of fusion peptide and to have a binding pocket capable of accommodating diverse fusion peptides. Murine vaccinations can thus elicit diverse neutralizing antibodies, and altering peptide length during prime can improve the elicitation of cross-clade responses targeting the fusion peptide site of HIV-1 vulnerability. The HIV-1 fusion peptide has been identified as a site for elicitation of broadly neutralizing antibodies, with prior studies demonstrating that priming with fusion peptide-based immunogens and boosting with soluble envelope (Env) trimers can elicit cross-clade HIV-1-neutralizing responses. To improve the neutralizing breadth and potency of fusion peptide-directed responses, we evaluated vaccine regimens that incorporated diverse fusion peptide-conjugates and Env trimers with variation in fusion peptide length and sequence. We found that variation in peptide length during prime elicits enhanced neutralizing responses in mice and guinea pigs. We identified vaccine-elicited murine monoclonal antibodies from distinct classes capable of cross-clade neutralization and of diverse fusion peptide recognition. Our findings lend insight into improved immunogens and regimens for HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2023年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0733 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.9411928 - 1.9100617
平均 (標準偏差)0.012784359 (±0.07400669)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 309.1104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29905_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_29905_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_29905_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_29905_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer

全体名称: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer
要素
  • 複合体: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: vFP48.02 light chain
    • タンパク質・ペプチド: vFP48.02 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer

超分子名称: vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: vFP48.02 light chain

分子名称: vFP48.02 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.270865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DVVMTQTPLT LSVTIGQPAS ISCKSSQSLL DSDGKTYLNW LLQRPGQSPK RLIYLVSKLD SGVPDRFTGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG IYYCWQGTHF PQTFGGGTRL EIK

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分子 #2: vFP48.02 heavy chain

分子名称: vFP48.02 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.383872 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQQPGAE FVKPGASVRM SCKASGYTFT SYWIAWVKQR PGQGLEWIGD IYPGSGYTNY NGKFKNRATL TVDTSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTRG GTTFVAEPWL AYWGQGTLVA VSA

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分子 #3: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.086324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

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分子 #4: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 70.41 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 33484

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8gas:
vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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