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万見
- EMDB-2984: 2.2 A resolution cryo-EM structure of beta-galactosidase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2984
タイトル2.2 A resolution cryo-EM structure of beta-galactosidase in complex with a cell-permeant inhibitor
マップデータB-factor corrected reconstruction of PETG-bound beta-galactosidase.
試料
  • 試料: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
  • タンパク質・ペプチド: beta-galactosidase
  • リガンド: phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside
キーワードnear-atomic resolution cryo-electron microscopy / single-particle cryo-EM / protein complexes / PETG
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / : / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / : / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bartesaghi A / Merk A / Banerjee S / Matthies D / Wu X / Milne J / Subramaniam S
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: 2.2 Å resolution cryo-EM structure of β-galactosidase in complex with a cell-permeant inhibitor.
著者: Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Soojay Banerjee / Doreen Matthies / Xiongwu Wu / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly emerging as a powerful tool for protein structure determination at high resolution. Here we report the structure of a complex between Escherichia coli β- ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly emerging as a powerful tool for protein structure determination at high resolution. Here we report the structure of a complex between Escherichia coli β-galactosidase and the cell-permeant inhibitor phenylethyl β-D-thiogalactopyranoside (PETG), determined by cryo-EM at an average resolution of ~2.2 angstroms (Å). Besides the PETG ligand, we identified densities in the map for ~800 water molecules and for magnesium and sodium ions. Although it is likely that continued advances in detector technology may further enhance resolution, our findings demonstrate that preparation of specimens of adequate quality and intrinsic protein flexibility, rather than imaging or image-processing technologies, now represent the major bottlenecks to routinely achieving resolutions close to 2 Å using single-particle cryo-EM.
履歴
登録2015年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2015年5月6日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a1a
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a1a
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-2984-bga...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 92.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor corrected reconstruction of PETG-bound beta-galactosidase.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.64 Å/pix.
x 292 pix.
= 186.004 Å		0.64 Å/pix.
x 292 pix.
= 186.004 Å		0.64 Å/pix.
x 292 pix.
= 186.004 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.637 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.12121183 - 0.17074034
平均 (標準偏差)-0.0000077 (±0.01674482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ292292292
Spacing292292292
セルA=B=C: 186.00401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6370.6370.637
M x/y/z292292292
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z186.004186.004186.004
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS292292292
D min/max/mean-0.1210.171-0.000

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添付データ

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添付マップデータ: emd 2984 additional 1.map

ファイルemd_2984_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 2984 half map 1.map

ファイルemd_2984_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 2984 half map 2.map

ファイルemd_2984_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-t...

全体名称: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
要素
  • 試料: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
  • タンパク質・ペプチド: beta-galactosidase
  • リガンド: phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside

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超分子 #1000: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-t...

超分子名称: Escherichia coli beta-galactosidase bound to phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside (PETG)
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: tetramer / Number unique components: 2
分子量理論値: 465 KDa
手法: ProtParam tool: Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A., Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server, (in) John M. Walker ...手法: ProtParam tool: Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A., Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server, (in) John M. Walker (ed): The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press (2005), pp. 571-607

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分子 #1: beta-galactosidase

分子名称: beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: beta-gal, b-gal / コピー数: 1 / 集合状態: tetramer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 465 KDa
配列UniProtKB: Beta-galactosidase / GO: beta-galactosidase activity

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分子 #2: phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside

分子名称: phenylethyl beta-D-thiogalactopyranoside / タイプ: ligand / ID: 2 / Name.synonym: PETG / 詳細: Molecular weight of PETG is 300.37 Da. / コピー数: 4 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1.0 mM TCEP
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R2/2 grids, plasma cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90.15 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 79.6 K / 最高: 79.8 K / 平均: 79.7 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 215,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan, Inc.
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Parallel beam illumination
日付2014年12月15日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1487 / 平均電子線量: 45 e/Å2
詳細: Every image is the average of 38 frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 215000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: Final map was obtained from 41,123 particles. D2 symmetry was applied throughout refinement. Map was corrected using a B-factor of -75 A^2.
使用した粒子像数: 41123
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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