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- EMDB-29744: local refinement of the primase/DNA/primer region in mutant T4 pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29744
タイトルlocal refinement of the primase/DNA/primer region in mutant T4 primosome
マップデータfocus refinement of the primase/DNA-RNA region
試料
  • 複合体: Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA hybrid
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage T4 DNA primase
    • DNA: DNA (70-mer)
    • RNA: RNA (5'-R(*(GTP)P*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードphage (ファージ) / complex / helicase (ヘリカーゼ) / REPLICATION (DNA複製)
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Feng X / Li H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM013306 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the T4 bacteriophage primosome assembly and primer synthesis.
著者: Xiang Feng / Michelle M Spiering / Ruda de Luna Almeida Santos / Stephen J Benkovic / Huilin Li /
要旨: The T4 bacteriophage gp41 helicase and gp61 primase assemble into a primosome to couple DNA unwinding with RNA primer synthesis for DNA replication. How the primosome is assembled and how the primer ...The T4 bacteriophage gp41 helicase and gp61 primase assemble into a primosome to couple DNA unwinding with RNA primer synthesis for DNA replication. How the primosome is assembled and how the primer length is defined are unclear. Here we report a series of cryo-EM structures of T4 primosome assembly intermediates. We show that gp41 alone is an open spiral, and ssDNA binding triggers a large-scale scissor-like conformational change that drives the ring closure and activates the helicase. Helicase activation exposes a cryptic hydrophobic surface to recruit the gp61 primase. The primase binds the helicase in a bipartite mode in which the N-terminal Zn-binding domain and the C-terminal RNA polymerase domain each contain a helicase-interacting motif that bind to separate gp41 N-terminal hairpin dimers, leading to the assembly of one primase on the helicase hexamer. Our study reveals the T4 primosome assembly process and sheds light on the RNA primer synthesis mechanism.
履歴
登録2023年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈focus refinement of the primase/DNA-RNA region
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.29
最小 - 最大-2.531926 - 5.335367
平均 (標準偏差)-0.0013680188 (±0.029434057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.28003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29744_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29744_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA ...

全体名称: Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA hybrid
要素
  • 複合体: Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA hybrid
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage T4 DNA primase
    • DNA: DNA (70-mer)
    • RNA: RNA (5'-R(*(GTP)P*CP*CP*GP*A)-3')

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超分子 #1: Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA ...

超分子名称: Complex of mutated T4 bacteriophage helicase gp41 with ssDNA/RNA hybrid
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)

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分子 #1: Bacteriophage T4 DNA primase

分子名称: Bacteriophage T4 DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSSIPWIDNE FAYRALAHLP KFTQVNNSST FKLRFRCPVC GDSKTDQNKA RGWYYGDNNE GNIHCYNCN YHAPIGIYLK EFEPDLYREY IFEIRKEKGK SRPIEKPKEL PKQPEKKIIK S LPSCVRLD KLAEDHPIIK YVKARCIPKD KWKYLWFTTE WPKLVNSIAP ...文字列:
MSSIPWIDNE FAYRALAHLP KFTQVNNSST FKLRFRCPVC GDSKTDQNKA RGWYYGDNNE GNIHCYNCN YHAPIGIYLK EFEPDLYREY IFEIRKEKGK SRPIEKPKEL PKQPEKKIIK S LPSCVRLD KLAEDHPIIK YVKARCIPKD KWKYLWFTTE WPKLVNSIAP GTYKKEISEP RL VIPIYNA NGKAESFQGR ALKKDAPQKY ITIEAYPEAT KIYGVERVKD GDVYVLEGPI DSL FIENGI AITGGQLDLE VVPFKDRRVW VLDNEPRHPD TIKRMTKLVD AGERVMFWDK SPWK SKDVN DMIRKEGATP EQIMEYMKNN IAQGLMAKMR LSKYAKI

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分子 #2: DNA (70-mer)

分子名称: DNA (70-mer) / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
配列文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)

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分子 #3: RNA (5'-R(*(GTP)P*CP*CP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*(GTP)P*CP*CP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 3
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
配列文字列:
(GTP)CCGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
2.0 mMDTTDTT

詳細: 20 mM HEPES pH 7.8, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 2 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6qem

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 800000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 157809
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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